中国7个不同地理居群野猪的系统发育研究.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(增刊):58-66 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.S.007 中国7个不同地理居群野猪的系统发育研究 1,2 2 2 1 1 白立景 ，刘 博 ，李 林 ，牟玉莲 ，李 奎 1 2 （中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193 ； 中国农业科学院深圳农业基因组研究所，广东深圳 518120 ） 摘要：【目的】线粒体 DNA 是真核生物细胞内唯一存在的核外遗传物质，具有相对恒定且不同于核 DNA 的生物信息量。线粒体 DNA 序列研究分析为物种的起源和进化研究提供了丰富的理论依据。因此，研究通过 分析国内外的野猪线粒体基因组差异，了解中国不同地理居群野猪遗传资源情况，阐明不同亚种之间的亲缘 关系。【方法】选取内蒙古、四川、陕西、浙江、江西、湖南、福建 7 个省或自治区共计 26 头野猪耳组织/ 尾组织，通过酚-氯仿法抽提基因组 DNA，取 3 µg DNA，利用 Covaris System(Life Technologies) 打碎至 200—800 bp 片段，经末端配对，加 A-尾巴，以插入片段 500 bp 建库。使用 Hiseq-2500(Illumina)平台测 序。为了比较国内野猪与国外野猪在线粒体基因组上的差异，从 NCBI 上下载 6 头欧洲野猪、1 头日本野猪、 1 头苏门答腊岛 (Sumatra) 野猪和 4 份中国野猪的全基因组重测序数据。利用该 12 头野猪重测序数据与本 研究 26 头国内 7 个不同地理居群野猪进行线粒体变异检测。通过比较 reads 对的平均测序质量，挑选出 reads 平均质量大于 Q30 的双末端 reads。通过 BWA 和 samtools，检测 38 头野猪之间的线粒体全基因组 SNP。通过 次等位基因频率（MAF≥0.05）对群体 SNP 进行筛选。利用筛选出的可信 SNP 位点，利用最大似然法（ML）进 行系统进化树的构建、主成分分析（principal component analysis; PCA）和核苷酸多态性分析（nucleotide diversity；π）。【结果】对 38 头野猪的线粒体全基因序列分析发现，群体之间共检测到 226 个 SNP 位点（0.014 SNPs/bp），其中 D-loop 区域共检测到 33 个 SNP (0.028 SNPs/bp)。通过将不同地理位置的野猪进行分类后， 共得到 9 个组，包括 Sumatra，欧洲，日本，陕西，四川，湖南，江西，浙江和内蒙古。通过每个类群的线 粒体 DNA 的 GC 含量进行分析发现，9 个亚群内的 GC 含量趋于相对稳定，其中 A 含量平均为 34.7%， C 含量 平均为 26.2%， G 含量为 13.3%，T 含量为 25.8%。在 D-loop 区域，相对于线粒体全长来说，A 含量减少 1%， 而 G 含量增加 1%。通过这 226 个 SNP 进行 PCA 和进化树分析发现，欧洲类群和亚洲类群存在明显的分化，说 明这两个类群是独立进化的；国内野猪的 7 个不同地理居群可分为蒙古、川陕、华南野猪 3 个亚种。通过序 列多样性分析发现，结果显示国内不同地区野猪之间的遗传距离较小（0.00024-0.0037），π的平均值为 0.0022，而欧洲与中国内地之间的差异较大（0.0044-0.0052），平均值为 0.0049，Sumatra 和日本与中国内 地之间的差异平均为 0.0025。说明欧洲野猪相对于 Sumatra 和日本野猪与中国内地野猪有着较大的序列多样 性。【结论】中国野猪虽然存在较丰富的单倍型多态性，但是遗传多样性有逐步丧失的风险，提示要加强中国 野猪种质资源的科学规划和保护。 关键词：野猪；线粒体DNA；遗传距离；系统进化