情报生命科学特别讲义-bic.kyoto.ppt

まとめ 系統樹の個数: 無根系統樹で (2n-5)!! 有根系統樹で (2n-3)!! 距離行列法 UPGMA法：　最小距離のクラスタを結合 近隣結合法：　近隣の節点を結合 最節約法: 置換コストが最小の系統樹を計算 最大合致部分系統樹： 複数の系統樹の比較 補足 最尤法に基づく方法も数多く研究 近隣結合法は O(n3) 時間かかるが、この定式化自体における本質的な改善は研究課題と思われる [Simonsen et al.: Proc. WABI 2008] 近年では系統ネットワークについて数多くの研究 系統樹を（ある制約のもとので）複数の親を許すように拡張 合致部分系統樹問題についても数多くの研究 出次数が2の場合（binary tree）に O(Nn2)時間でできるかは研究課題 [Lee et al.:IPL 2005] * * * * * * * * * * * * * 情報生命科学特別講義III（７）進化系統樹推定 阿久津　達也 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 講義予定 第１回:　文字列マッチング 第２回：　文字列データ構造 第３回：　たたみ込みとハッシュに基づくマッチング 第４回：　近似文字列マッチング 第５回：　配列アラインメント 第６回：　配列解析 第７回：　進化系統樹推定 第８回：　木構造の比較：順序木 第９回：　木構造の比較：無順序木 第１０回：　文法圧縮 第１１回：　RNA二次構造予測 第１２回：　タンパク質立体構造の予測と比較 第１３回：　固定パラメータアルゴリズムと部分k木 第１４回：　グラフの比較と列挙 第１５回：　まとめ 進化系統樹 進化系統樹 種間（もしくは遺伝子間）の進化の関係を表す木 以前は形態的特徴をもとに構成 現在は配列情報をもとに構成 有根系統樹と無根系統樹 有根系統樹: 根（共通の祖先に対応）がある系統樹 無根系統樹: 根のない系統樹 いずれも葉にのみラベル（種に対応）がつく 有根系統樹 無根系統樹 系統樹を扱う際は、頂点でなく節点という用語を使う 進化系統樹の個数 グラフの同型性 グラフ G1(V1,E1) と G2(V2,E2) が同型 ? 以下を満たす V1 から V2 への１対1、上への写像 φ が存在 （?v?V1)(l(v)=l(φ(v)) （?(u,v)?E1)(l(u,v)=l(φ(u),φ(v)) （?u,v?V1)((u,v)?E1 ? (φ(u),φ(v))?E2) (u,v) は無向グラフの時は順番を考えない（ (u,v)=(v,u) ） l(v) は頂点の、l(u,v)は辺のラベルを表す 例 A と B は同型 A と C は同型でない D と E は同型 D と F は同型でない 系統樹の個数 葉の個数と節点の個数の関係（葉の個数 ＝ n） 有根系統樹：　2n-1 個の節点、　2n-2 本の枝 無根系統樹：　2n-2 個の節点、　2n-3 本の枝 無根系統樹と有根系統樹の関係 根は無根系統樹の任意の枝に設定可能 　　?　有根系統樹の個数＝(2n-3)×無根系統樹の個数 枝が 2n-3 本の無根系統樹に1本の枝を追加 　　?　2n-3 種類の異なる無根系統樹 #葉 #枝 （無根系統樹） #無根系統樹 #有根系統樹 3 3 1 3 4 5 3 3×5 5 7 3×5 3×5×7 6 9 3×5×7 3×5×7×9 … … … … n 2n-3 (2n-5)!! (2n-3)!! 葉と節点と枝の個数の関係 命題： n 個の葉をもつ有根系統樹は 2n-1 個の節点と 2n-2 個の枝をもち、無根系統樹は 2n-2 個の節点と 2n-3 個の枝をもつ 証明: 有根系統樹についてのみ帰納法により示す。葉が2個の時は明らかに成立。葉が n 個の時、成立すると仮定。 葉を１個追加すると、枝、節点ともに2個増えるので命題が成立。 本講義では内部節点の子は常に２個であることを仮定 系統樹の個数 定理： n 個の葉をもつ同型でない有根系統樹の個数は (2n-3)!! 個、無根系統樹の個数は (2n-5)!! 個である 証明: まず無根系統樹について帰納法で示す。葉が3個の時は成立。 葉が n 個の時、成立すると仮定。 異なる枝に n+1 番目の節点を接続すると、同型でない系統樹が得られる。よって、（追加前の）枝の個数は命題より 2n-3 個なので、 (2n-3)×((2n-5)!!) = (2(n+1)-5)!! 　より定理が成立。 有根系統樹については n 個の葉をもつ無根系統樹の任意の枝の中点を根とすることに同型でない系統樹が得られるため、定理が成立。 n を奇数とする時、 n!!=n×(n-2)×(n-4)×???×1 UPGMA