磁振结构影像分析.PDFVIP

.tw/~cflu          6/4/2014 Lesson 15 Chia‐Feng Lu  國立陽明大學 物理治療暨輔助科技學系 盧家鋒 助理教授 磁振結構影像分析 請先至 .tw/~cflu/CFLu_course/mriprinp.html 下載第 15週上課資料 : dataset_L15.zip (87.4Mb) 、softwares_L15.zip (142Mb) 介紹與使用程式列表 1. MRIcro (影像讀取與轉檔 ) /CRNL/tools 2. SPM (影像前處理與統計分析 ) http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ 3. VBM (體積變化評估 ) http://dbm.neuro.uni-jena.de/vbm/ 4. xjview (SPM 統計結果觀看軟體) /xjview8/ .tw/~cflu          6/4/2014 Lesson 15 Chia‐Feng Lu  一、程式安裝（Installation ） 1. MRIcro  點擊 sofwares_L15\MRIcro\mrinstall.exe 安裝程式 2. SPM 、VBM 與 xjview  解壓縮 sofwares_L15\SPM8\spm8.zip （取得spm8資料夾）  解壓縮 sofwares_L15\VBM8\vbm8_r435.zip （取得vbm8資料夾，並複製至 spm8\toolbox中）  將 sofwares_L15\xjview資料夾中的檔案複製至 spm8 資料夾中  (1)開啟 MATLAB ，點選File - Set Path (2)點擊 Add with Subfolders選取 spm8資料夾，確定 (3)按下 Save 完成設定 .tw/~cflu          6/4/2014 Lesson 15 Chia‐Feng Lu  二、影像格式（Image format ） 1. DICOM (*.dcm, *.ima, or others)  Digital Imaging and Communications in Medicine  Picture Archiving and Communication System (PACS)  Image attributes + Image pixel data  Load with MRIcro  Load with MATLAB commands (dicomread, dicominfo) 2. Analyze 7.5 format (*.img, *.hdr)  Widely used in the neuroimaging field.  Transfer DICOM to Analyze format using MRIcro (Double check the header information !!)  Load with MRIcro  Load with MATLAB commands (analyze75read, analyze75info) 3. NIfTI (*.nii)  Neuroimaging Informatics Technology Initiative  A new Anaylze-style format  Load with MRIcro 請使用 dataset_L15\T1_DICOM中所包含的 192張 DICOM影 像練習轉檔成 Analyze 格式 .tw/~cflu          6/4/2014 Lesson 15 Chia‐Feng Lu  三、使用 SPM 1.開啟 MATLAB （請確認已完成Set Path ），在command window 鍵入 spm fmri 2. 依序練習執行（請使用前一練習轉檔完成的 *.img影像） (1) Display ：設定影像原點(origin) ，並調整AC-PC li