附件5 - 生物化学与生物物理进展.doc

补充材料五 Supplementary data 5 第1部分 Part One 蛋白质组学鉴定数据的生物信息学数据分析 An Analysis of Bioinformatics Datasets Related to Proteomic Data i．首先，在PD病人LC脑区的蛋白质组学分析中，获得鉴定的候选蛋白质为临床前期PD提供了LBs的蛋白质构成信息[1]．分析结果显示，鉴定数据包括NFs和TH等不少于2个LBs的已知蛋白质和84个LBs的候选蛋白质．其次，在PD病人SNpc脑区的蛋白质组学分析中，获得鉴定的候选蛋白质为临床期PD提供了LBs的蛋白质构成信息[2-4]．鉴于LBs在多巴胺能神经元丧失之后被暂时释放于细胞外间质[5]，一种实验设计是以PD病人SNpc脑区为分析样品进行蛋白质组学分析[2-4]；鉴于LBs富集了功能缺失的线粒体和（或）线粒体蛋白质[6]，另外一种实验设计是以PD病人SNpc脑区的线粒体分级分离制备物为分析样品进行蛋白质组学分析[7]．上述分析结果显示，鉴定数据包括α-Tub、α-Syn、β-Tub、CaMK-II、HSP60、HSP70、INA、Mn-SOD、NF-L和NF-M等不少于10个LBs的已知蛋白质和124个LBs的候选蛋白质．此外，鉴于脑多巴胺能神经元除了密集地分布于SNpc之外尚散在分布于同属于中脑的相邻侧腹核（ventral tegmental area，VTA）脑区，还有一种实验设计是比较同一个PD病人SNpc脑区与VTA脑区（作为对照）之间的蛋白质差异表达谱[8]．然而，考虑到VTA脑区不是PD病变所涉及的主要病变部位，而且自VTA发起的中脑-皮层神经通路和中脑-边缘系统神经通路（相对于自SNpc发起的黑质-纹状体神经通路）在PD发生、发展过程中不担任主要角色，本文未将这部分鉴定数据收录为LBs的蛋白质组学鉴定数据．再次，在PD病人PFC脑区的蛋白质组学分析中，获得鉴定的候选蛋白质为临床后期PD提供了LBs的蛋白质构成信息[9]．分析结果显示，鉴定数据包括α-SYN、CLU、Cyt C、HSP70、SOD和Syn等不少于6个LBs的已知蛋白质和120个LBs的候选蛋白质．ii．上述PD病人脑区的蛋白质组学分析的主要研究缺陷是复杂、不均一的脑组织导致一部分鉴定数据为假阳性，即，与LBs无任何关系的候选蛋白质获得鉴定[10]．然而，蛋白质组学分析借助于激光捕获显微切割（laser capture microdissection，LCM）技术从复杂、不均一样品中获取同质性分析样品的技术优势，能够显著地提高分析样品与鉴定数据之间的相关性[10-12]．Leverenz等（2007）先利用这项技术从DLB病人TC脑区冰冻切片中分离了靶细胞，后对靶细胞分离物进行了蛋白质组学分析[12]．DLB是一种既表现PD一系列神经病学症状又表现诸多非运动障碍症状的复杂系统性疾病；约30%PD病人发展为DLB[10]；DLB涉及的脑区除了LC、SNpc和PFC脑区之外尚包括TC等脑区[13]．分析结果显示，鉴定数据包括14-3-3ε、αB、α-SYN、α-Tub、β-Tub、APP、CaMK-II、dynein、GAPDH、HSC70、INA、MAP-1B、MAP-2、NF-M、Tau、Ube1和Uch-L1等不少于17个LBs的已知蛋白质和108个LBs的候选蛋白质．显然，在细胞水平获得的鉴定数据中（相对在组织水平获得的鉴定数据中），LBs的已知蛋白质的数量百分比明显地增多，而LBs的候选蛋白质的数量百分比明显地减少． iii．鉴于以生物样品为研究对象的蛋白组学分析要求每个分析样品至少含有约1～10万个靶细胞[10]，上述LCM技术应用于蛋白质组学分析的主要技术瓶颈是耗时、繁重的分离靶细胞操作不能保证在操作期间一次性地或连续地从分析样品中收集足够数量的靶细胞．然而，蛋白质组学分析借助于生物化学分级分离技术从组织匀浆中快速富集亚细胞结构物的技术优势，大大地缩短了分析样品制备与蛋白质组学技术操作之间的时间间隔 [10]．Xia等（2008）先利用这项技术从DVLB病人TC脑区的组织匀浆中富集了LBs，后对LBs富集物进行了蛋白质组学分析[14]．DVLB是一种既具有AD一系列精神病学症状又表现诸多DLB非运动障碍症状的复杂系统性疾病；约25%AD病人发展为DVLB[15]；DVLB涉及的主要脑区是PFC和TC，等[14]．分析结果显示，鉴定数据包括α-SYN、Cul-1、dynein、GAPDH、GSN、HSP70、Ub、Ube1和Uch-L1等不少于9个LBs的已知蛋白质和29个LBs的候选蛋白质．显然，在亚细胞水平获得的鉴定数据中（相对在细胞水平获得的鉴定数据中），LBs的已知蛋白质的数量百