《分子生物学》课件-分子生物第九章.pptVIP

第九章 人类基因组计划与组学 第一节 人类基因组计划 1984年，美国能源部 (DOE)与国立卫生研究院 (NIH)及其他国际组织会议讨论人类基因组作图和测序的可行性和有效性 1986年，Dulbecco(1975年诺奖) “A turning point in cancer research：sequencing the human genome” 《Science》率先提出人类基因组计划，并认为这是加快肿瘤研究进程约有效途径，引起世界性反响 1987年， DOE向国会提交人类基因组倡议 1988年，美国国家研究委员会 (NRC)建议进行人类基因组作图和测序，当年国会举行听证会 HGP研究的实施的科学历史背景 美国政府决定于 1990年正式启动HGP，预计用 15 年时间，投入 30 亿美元，完成 HGP。 由国立卫生研究院和能源部共同组成“人类基因组研究所” 逐渐地，HGP 扩展为多国协作计划，参与者包括：英、日、法、德和中国（1993年）。 一、人类基因组计划目标 二、人类基因组计划进程 主要任务：完成人类基因组全部DNA序列测定 人类单倍体基因组含30亿碱基对(bp)的DNA序列，包括约3-4万个基因，分布于22条常染色体和X、Y性染色体。 人类基因组计划策略 基本策略：建立基因组DNA的重叠细胞克隆群；次级克隆群；测序；分析 国际人类基因组测序策略“ 逐个克隆法 ” Celera Genomics 人类基因组测序策略 “ 全基因组鸟枪法 ”： 人类基因组计划：大规模测序基本策略 三、人类基因组遗传标志 1、限制性片段长度多态性 (RFLP) 遗传图谱的第一代遗传标志 2、短串联重复序列 (STR) 遗传图谱的第二代遗传标志 3、序列标签位点 (STS，物理图谱的遗传标志) 200-·500bp短单一序列，碱基序列和基因组定位己阐明 易用PCR检测，STS数据库已建 4、表达序列标签 (EST，基因图谱) cDNA文库取样，外显子（单一）序列片段 5、单核苷酸多态性 (SNP) 1998年 四、人类基因组图谱 遗传图谱 物理图谱 基因图谱 （转录图谱） 序列图谱 1、遗传图谱（genetic map） 也称连锁图谱，以具有遗传多态性的遗传标记为“位标”，以遗传学距离为图距的基因组图。 经典遗传标记 DNA分子遗传标记 第一代DNA遗传标记——限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）； 第二代DNA遗传标记——微卫星（microsatellite）； 第三代DNA遗传标记——单个核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP） SNP与RFLP和STR标记的主要不同之处在于，它不再以DNA片段的长度变化作为检测手段，而直接以序列变异作为标记 三代遗传图谱 (1)第一代：1987年 ，图距为7.4cM ，共403个多态性标志 ，393个RFLP (2)第二代：1992年，图距为3.7cM，814个多态性标志 CpA为重复单位的STR (3)第三代：1994年，图距为0.7cM，5840个标志 ，970个单一序列，3617个STR，427个基因序列(人类基因组计划完成的第一个主要目标) 建立遗传图谱意义 为基因识别和基因定位创造了条件 有助于疾病相关基因的染色体定位 2、物理图谱 (physical map) 定义：以一段已知核苷酸序列的DNA片段（序列标记位点sequence tagged site，STS）为路标，以Mb或kb为图距的基因组图。 第一张：1995年，15086个STS ，图距为199kb 第二张：1998年，52000个STS ，图距为58kb 物理图谱是遗传图谱过渡到表达图谱的桥梁，物理图谱的最终形式就是碱基在染色体上的相对顺序 3、基因图谱 即基因转录图（cDNA图），或者基因的cDNA片段图，也就是表达序列标签图（EST，expressed sequence tag），是以基因 (以EST为标志)为位标、实际距离 (位标间隔的碱基对数)为图距绘制的基因组图谱，是遗传图谱与物理图谱的统一 目标：鉴定基因组中所有的功能基因以及它们在基因组中的位置 所有的生物性状，包括疾病，都是由结构或功能蛋白质决定的，而已知的所有蛋白质都是RNA聚合酶II指导的mRNA依据“遗传密码”编码的。抓住了（RNA）转录图，抓住了基因的主要特点与主要部分（可转录的部分） 4、序列图谱 (sequence map) 染色体DNA的全部碱基序列 最高分辨率的物理图谱 遗传图谱、物理图谱、基因图谱等的全部信息都可以整合到