细胞生物学复习资料-蛋白结构与功能.docxVIP

蛋白质结构与功能(by 童嘉辉)：一.基本概念：1.蛋白质结构发展的现状：蛋白序列的增涨飞速，但蛋白结构数量的增涨一直维持在低水平。原因（个人推测）：1.蛋白结构解析困难。2.目前蛋白结构解析主要还是依赖x-ray，但设备要求高，设备数量有限。2.蛋白质解析的常用方法及其优缺点：上图展示了各个方法的适用范围以及其分辨率情况，其中蓝色的方法显然分辨率较低，橙色的自由电子激光强无敌，但是设备要求太高，也不泛用。所以主流的还是粉色的三种方法：NMR，X-Ray，Cryo-EM，其缺点分别为：X-Ray：需要得到蛋白晶体NMR：适用于小蛋白（40KD）Cryo-EM：适用于较大的蛋白（蛋白复合体），分辨率相对较低。3.蛋白质的功能：⑴作为结构支撑骨架，如：actin, microtubule, collagen⑵酶⑶信息传导，如：growth hormone, insulin⑷转运，如：hemoglobin, channels, transporters⑸免疫，如：Immunoglobulin (IgG), Toll-like receptor⑹结合，如：TATA-binding protein, lac repressor⑺特殊功能的大型蛋白复合物，如：ribosome，nucleoporin，gas vesicle(这是一个很神奇的蛋白复合体，仅通过蛋白的堆积实现了气孢的气密性)4.计算生物学中的另一个中心法则：即：序列——结构——功能5.蛋白结构的分级介绍：⑴一级结构：氨基酸链①氨基酸是组成蛋白质的基本单位②20种氨基酸的pKa：课件P34③20种氨基酸的遗传密码子：课件P35④氨基酸的保守替换：同一个蛋白的氨基酸序列在不同生物体之间，其不同氨基酸的替换频数。⑤肽键：四共平面⑵二级结构：①稳定蛋白结构的相互作用：②二面角及拉式图phi (φ)：以Cα与N相连的键为轴的二面角psi (ψ)：以Cα与羰基相连的键为轴的二面角Ramachandran Plot：拉氏图表现的就是氨基酸残基理论上可以出现的构象。拉氏图主要的应用就是，对同源建模后模型质量的检测，验证模型合理性。③二级结构的分类：α螺旋，β转角，β折叠④二级结构的检测方法：圆二色谱法：利用圆偏振光吸收程度的差异来检测待测样品的不对称性。课件P47⑤20种氨基酸对于形成不同二级结构的倾向性：课件P48⑥二级结构的预测：课件P49 知道二级结构可以预测就行⑦构象码：相当于整个3D构象的离散状态。一个构象码是由4个Cα组成，这17个构象码归纳了蛋白结构中4个连续Cα的所用构象的可能。其主要对应了两个键角和一个二面角：仿照序列比对矩阵BLOSUM 62，构造了构象码的相似度矩阵CLESUM：⑧折叠：蛋白质的折叠方式是由一级结构决定的。折叠的驱动力是蛋白与自身相互作用和与水相互作用强弱的竞争（在水中）。举个例子，一个蛋白有许多疏水氨基酸，其与水无法形成很好的相互作用，于是成为折叠的Driving force 课件P56⑶三级结构：①蛋白质包含的结构域可以作为划分其家族的依据。②蛋白质模序（protein motifs）：在许多蛋白质分子中，可以发现2到3个具有二级结构的肽段，在空间上互相接近，形成一个具有特殊功能的空间结构，称为蛋白质的“模序”。课件P66③一些结构域的列举：Alpha Domains，Beta domains，Antiparallel beta domains，Alpha/beta domains (parallel beta sheet)⑷四级结构：①有多样的结合方式课件P71②稳定蛋白的相互作用都对形成蛋白质中小分子结合面做出了贡献。③翻译后修饰能够增加蛋白的稳定性最常见的翻译后修饰：④蛋白质的运动类型：课件 P776.举例说明蛋白质的结构与功能：⑴烯醇化酶：①超家族：催化一类反应的酶②capping domain 提供特异性，Barrei domain提供基础功能PS：提到了一些蛋白可视化软件（P84）以及其用法（P85-86）⑵HIV:HIV感染过程中有三种酶：逆转录酶、整合酶、HIV蛋白水解酶。其中蛋白水解酶是药物靶点，其Jargons p1-p1是剪接位点，药物设计的思路是设计类似的小分子，将剪接位点的肽键改造为化学键，竞争性抑制水解酶的活性。⑶血红蛋白：镰刀型血细胞贫血症的治疗策略：开发一种药物能够稳定带氧状态，但不能过分稳定。GTX011是与血红蛋白的n端共价结合，实现了这一目标。⑷GPCR：其构造课件P111，课件里提了一下Rhodopsin,taste1,Musk，没细讲。⑸抗体、纳米抗体、病毒衣壳、包膜糖蛋白、GFP：全是图，课件P121-132二.蛋白功能的调控：1.一些调控在特定位置进行2.受环境因素影响：pH，氧化还原3.降解调控：泛素