寒区旱区科学数据中心黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究.pdfVIP

寒区旱区科学数据中心 黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究——数据集II UUID: 55383ccd-d369-4737-a947-3919995d13cd 黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究——数据集II dataset II 摘要 一、数据概述 此数据汇交是“黑河流域生态-水文过程集成研究”重大研究计划重点项目“黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学 研究”的第二次数据汇交。本项目的主要研究目标是以典型荒漠植物沙冬青为材料，利用目前国际上先进的新一代基因测 序技术对沙冬青的全基因组序列及基因转录组序列进行解码，从而发掘与抗旱相关的基因和基因群组，并用转基因技术在 模式植物（如拟南芥和水稻）中验证其抗旱性。 二、数据内容 1．沙冬青基因组和转录组的序列测定： 前期基因组预测序测得蒙古沙冬青的基因组大小约为926 Mb，GC含量36.88%，重复序列比例66%，基因组杂合率0.56%，表 明其基因组重复序列多，杂合度较高，属复杂基因组。 基于这一预测序结果，我们随后开展了沙冬青基因组的深度测序 ，所得数据经组装后得到937 Mb的全基因组序列（表一），与前期预测的基因组大小基本一致。通过对沙冬青的转录组测 序和序列组装（表二），获得了77,000余个基因编码序列（Unigene），对这些基因序列进行注释发现，绝大部分基因序 列与豆科植物大豆、鹰嘴豆和菜豆等有较高的相似度（图一），与沙冬青属豆科植物的事实相符。 2．沙冬青简单重复序列（SSR）分子标记的发掘： 网络公共数据库已有公开发表的沙冬青转录组数据集，其样品采集地点是宁夏中卫市。而本项目组样品采集的地点是甘肃 民勤县，为了研究这不同地区的沙冬青的序列是否具有序列多态性，我们首先鉴定了民勤县植物样品的基因组中的简单重 复序列（SSR）分子标记（表三），随后与中卫市植物样品的转录组序列进行比较，发现部分SSR分子标记具有多态性（表 四），这些分子标记可用于该物种植物的遗传图谱构建、QTL定位和遗传多样性分析等研究中。 三、数据处理说明 样品采集地点：甘肃民勤县，经纬度：北纬N38°34′25.93″ 东经E103°08′36.77″。基因组测序：共构建8个不同大 HiSeq 4000仪器测定。 四、数据的使用说明和意义 我们选定一种典型的荒漠植物作为研究对象，从基因组学的角度解析该荒漠植物的全基因组和转录组序列，发掘其中蕴藏 的宝贵抗旱基因资源，并研究他们的抗旱机理，有利于沙冬青这一古老而重要植物资源的有效利用，以及黑河流域抗旱植 物的遗传培育、生态恢复和可持续发展。 关键词 主题：基因组，抗旱， 位置：黑河流域，民勤沙生植物园，阿拉善盟， 时间：2015， 学科：植物，基因组学， 地层： 数据分类 分类： 生物 环境 数据细节 比例尺：10000 投影：+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 数据大小(MB)：1 数据格式：数据格式，例如 excel 缩略图和空间范围 N:38.79 - 1 - W:102.5 - 2 - E:103.57 - 3 - S:37.87 时间范围 开始时间：2014-01-01 结束时间：2015-12-31 本数据引用方式 数据引用文献或其他引用方式，若无请清空 建议参考文献 数据DOI doi:10.3972/heihe.0034.2016.db 项目支持信息 国家自然科学基金“黑河流域生态-水文过程集成研究”重大研究计划：黑河流域典型荒漠植物耐旱机理的基因组学研究( 使用声明 1. 为尊重知识产权、保障数据作者的权益、扩展数据中心的服务、评估数据的应用潜力，请数据使用者在使用数据所产 生的研究成果中（包括公开发表的论文、论著、数据产品和未公开发表的研究报告、数据产品等成果），明确注明数据来 源和数据作者。对于转载（二次或多次发布）的数据，作者还须注明原始数据来源。 相关链接 1. / 2. / 相关联系人