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第45 卷 第 5 期 2000 年3 月 简 报 单个DNA 分子的拉直操纵和成像 张 益 陈圣福 欧阳振乾 胡 钧 熊启华 李 宾 黄一波 李民乾 * 金承志 (上海原子核研究所单分子探测与单分子操纵实验室, 上海201800 ; 复旦大学分析测试中心细胞图象分析实验室, 上海 200433. *联系人, Email: mqli@srcap.stc.sh.cn) 摘要 利用分子梳技术, 将DNA 拉直在硅烷化的云母表面, 实现了单分子DNA 的荧光显微镜和 原子力显微镜探测. 同时, 利用改进的动态分子梳技术进行了 DNA 分子拉直操纵的原子力显微 术研究. 结果表明, 对于DNA 拉直操纵, 改进的动态分子梳技术与原有的动态分子梳相比具有样 品用量少 污染小的优点, 与一般的分子梳技术相比有更好的拉直效果和重复性. 这种 DNA 分 子操纵与单分子 DNA 荧光显微术 原子力显微术相结合, 将在分子动力学基础研究和基因研究 的应用方面发挥重要作用. 关键词 DNA 原子力显微术(AFM) 荧光显微术(FM) 单分子操纵 单分子成像 最近, DNA 分子的操纵已成为单分子操纵和探测的研究热点, 其中报道较多的是 DNA 分子拉直的方法及其生物学应用研究[1 10]. 快速 精确的基因组物理图谱的绘制 基因定位 有序测序等, 是人类基因组 后基因组计划所要解决的重要问题, 通过 DNA 的拉直和操纵为 实现这一目标进行了很有成效的方法学探索[2 4] . DNA 拉直的方法现已提出多种, 如分子 梳[1,2,5] [3] [6] [7] 动态分子梳 电场 和吹气法 等, 其中分子梳和动态分子梳方法是较为简单和快 速的方法. DNA 拉直的探测手段主要有荧光显微术(fluorescence microscopy, FM)与原子力显微术 [11] (atomic force microscopy, AFM). FM 作为DNA 单分子成像的工具始于80 年代 , 但高质量 的单分子 DNA 荧光图象的获得依赖于新近发展的高效率的 DNA 荧光分子探针和冷却 CCD 的应用[1 4,11 13]. AFM 是探测 DNA 拉直的有力工具[5,7 9], 这是因为 AFM 可在近生理条件下 稳定成像, 与光学显微镜相比大大提高了分辨率. 另外, 利用 AFM 对 DNA 链的切割和切割 下来的 DNA 片段获取技术 单拷贝 DNA 的PCR 放大技术的成熟[9,14,15], 使得快速 精确的 基因组物理图谱绘制 基因定位 有序测序成为可能. 我们改进了动态分子梳技术, 将 DNA 拉直在非常平整的硅烷化的云母表面, 同时实现了 单分子DNA 的FM 及AFM 探测并作了比较. 1 材料与方法 人基因组 DNA(HG DNA) 购自华美公司, 荧光分子探针 YOYO-1(1,1 -(4,4,7,7- tetramethyl- 4,7-diazaundecamethylene)-bis-4-[3-methyl-2,3-dihydro-(benzo-1,3-oxazole)-2- methylidene]-quin-olinium tetraiodi