新型二肤类长链状化合物的分子动力学-上海有机化学研究所.PDFVIP

化学学报 ACTA CHIMlCA SINICA 1~隙， 56 ， 937 - 942 铺胁‘蛐. 新型二肤类长链状化合物的分子动力学 和量子化学研究 ·王光斌 孙命 刘小兰 缪方明 (天津师范大学晶体化学研究所 天津 3仅归74) 摘要 用分子动力学方法对5 种新型肤类长链状化合物进行了构象研究，所得结果证明我们的构 象搜索方法有效.分子与内的芳环堆积作用使整个分子具有特殊结构，这种结构特征可能使其具 有特殊生物功能，该结果为药物分子设计提供了有用的信息.量子化学计算表明分子内形成的负电 荷空穴，将使其易与受体结合. 关键词 肤类，长链状化合物，分子动力学，量子化学，分子设计 随着计算化学的发展，构象分析方法越来越丰富[1-3] 在众多的构象搜索方法中，分子动 力学(molecul缸 dyruunics ， MD) 被认为是一种非常有效的方法，分子动力学的模拟退火法 (simulated annealing) 为寻找最低能量构象提供了一种新方法，计算机分子动力学的发展为模拟 分子的三维结构提供了一种有力的工具.和其它靠单键旋转搜索构象的方法比较，分子动力学 方法可以用于大分子计算，MD 方法研究阿片 8 受体的一系列环肤的构象，已用 2D- NMR 证 实是合理的[4] 随机搜索则是在分子可旋转键构象空间中随机取样，进行优化，并将得到的不同构象保留 于数据库中，供进一步分析研究，与系统搜索不同，虽然这一方法在原则上不能保证构象空间 搜索的完整性，但延长搜索次数可在任意程度上接近完整，研究表明，这一方法与系统搜索方 叫 法在效果上是等价的[5] ，但此法所得构象数则要少得多，易于分析. 二肤类长链型化合物无论是作为 Ví转氨酶的模型化合物，还是作为氧载体，抗肿瘤，抑 菌药物，都具有十分重要的意义[6 ， 7] ，四卢 本文采用了两种构象搜索方法一一分子动力学方法和随机搜索方法，对5 个长链型化合 物[8J 进行了构象研究.在搜索出的系列低能构象中，找出了一个能量最低的构象作为初始构 象，进行了量子化学计算. 1 计算方法 1. 1 分子动力学计算 在 SGI Indigo 2 工作站上，应用 Tripos 公司的 SYBYlβ2 软件中的 DYNAMICS 进行分子动 力学计算.对从系统搜索中得到的最低能量的构象进行模拟退火(AMD) ，由于模拟退火效果在 *男，34 岁，博士，现在为中国科学院上海光学精密机械研究所博士后 收稿日朔: 1997 - 06 - 04，天津市教委重点学科资助项目，夭津市二十→世纪青年基金资助项目 938 化学学报 A口A CIllMICA SINICA 1998 很大程度上取决于参数的选择是否恰当，首先试验了 AMD 的各个参数取不同数值时的计算效 率，选出了一套理想的参数:在 7∞K 温度下平衡阳Xfs( 飞秒)，将温度降至 50K，平衡阳刀扎 每隔始存一个结构，温度藕合常数设为 2.0fs. 重复以上过程，每个构象均运算 10 次，然后我 们对 AMD 过程所