倾心科研事业 天道自然酬勤.doc

倾心科研事业 天道自然酬勤 　　计算数学、分子结构，多么前沿而严谨的学科词汇，在大家的眼中，从事这类科研工作的人员该是严肃紧张而又细致认真的吧，但当我们见到中国科学院计算数学与科学工程计算研究所研究员卢本卓时，我们却没有感受到拒人于千里之外的隔阂，而是看到了一位真真切切、虽朴实无华却又于无形中散发出一种理性思想的光芒的科研人。晨辉伴他开始一天的勤勉，晚霞约他一起护送夕阳，可他始终不惧疲惫，没有怨言。相反，他总是用写满笑容的面庞，追逐阳光，奉献工作。 卢本卓就是这样一名科研人，一名不断寻求生命最大效能的科研工作者。 一项成果引关注 从计算机模拟第一次尝试介入解决分子生物学的问题开始算起，至今已经有大概三分之一个世纪了，学术界对它的浓厚兴趣和重视程度依然有增无减。毕竟，生物的复杂度要远远超过单一的自然现象，而用笔来计算生物学中的规律，常常是难以想象的（这也是19世纪末20世纪初理论物理和如今“理论生物学”的显著区别之一）。 同时，由于生物系统的复杂结构及多尺度多物理过程的特点，这就决定了数学在生物学中的介入，主要是以数值计算和模拟为主。就像现代交通技术中用摄像头监视记录大街上忙碌穿梭的车流，然后后台用电脑分析庞大的细节路况信息一样，分子模拟也用计算机来观察和分析生命活动在极小尺度一原子分子一上的活动轨迹。这些众多的原子、分子就像街道上的车辆。但不同的是生物分子内的任意一个原子都与所有其它原子有相互作用，正是这些相互作用使生物分子形成一个有机整体。计算这些巨大数目的相互作用是耗费计算机心力－CPU－的最主要任务。实际上，一个普通分子生物学问题的模拟研究里的计算量就可以大得足以让当前国际上最强大的超级计算机也难以承受。这也是计算机模拟科学家们要攻克的一个难关。 2010年6月，一项研究成果“自适应快速多极矩Poisson-Boltzmann方程求解程序”软件包（AFMPB）的beta版本发布。这一工作总结了卢本卓近年来在生物分子静电相互作用计算研究中丰富和发展了的边界元方法，并首次实现了与自适应新版快速多极矩的结合，在单CPU计算上计算大分子静电取得最快的加速效果，这也代表了近年来国际上在边界元方法计算PB静电方面的最新进展。 卢本卓介绍这一进展和软件发布的文章“AFMPB：An　Adaptive　Fast　Multipole　Poisson-Boltzmann　Solver　for　Calculating　Electrostatics　in　Biomolecular　Systems”刊登在了Computer　Physics　Communication杂志上。 对卢本卓及其同事发展的自适应快速多极矩边界元求解PB方程的一整套方法及其开源软件程序包AFMPB，分子静电领域权威专家、国际计算科学与发现杂志主编、美国西北太平洋国家实验室Nathan　Baker教授在Faculty　of　1000　Biology上这样推荐和点评他们的工作：“文章描述了一组用于生物分子计算的激动人心的、崭新的方法和软件。作者提供了一个多极矩加速的边界元方法，对一大类隐式溶剂的生物分子模拟、包括蛋白一蛋白相互作用、扩散结合、拥挤溶液模拟等显示出了巨大的前景”。 Faculty　of　1000　Biology是一个生物领域著名的在线科研评价系统，该机构专家每年对全球SCI文章总数不足千分之二的优秀精品生命科学和医学论文进行推荐和点评，并赋予“F1000论文”称号向科学界推荐。 另外，最近瑞典斯德哥尔摩大学Erik　Lindahl教授也在他的“分子动力学模拟算法进展”的综述文章中用了一段话来评述卢本卓和他的合作者们在使用快速多极矩方法加速PB求解、改善内存需要、及应用于大分子的情形，并展望了它在并行化和处理非周期系统的优势。 对于这一引起广泛关注的成果，卢本卓表示，连续模型是分子模拟中广泛采用的用来克服全原子模拟的时间空间尺度限制的方法，但其模型的准确性和数值计算上的困难也是连续模型方法长期面临的一个挑战，其应用范围受到很大限制。而卢本卓他们在分子静电、电扩散及电弹性等方面的工作为实现高效有效的连续模型模拟提供了一系列核心技术、方法与工具，包括模型建立、有效的数值计算方法及其所需的分子网格的产生等，将有力促进有关方法的发展，拓展其应用范围。 两个方向显前景 科研是艰苦的，艰苦到局外人难以感同身受；科研是孤独的，孤独到没有故事可讲。十几年的科研岁月里，卢本卓就像他研究的那些肉眼看不见的微小的生物分子，在飞速地跳跃和运动着，唯有在显微镜下，才能看到它们有多么美，多么热烈！ 2002年，卢本卓获得了中国科技大学生物化学与分子生物学的博士学位，之后于2003年赴美深造，先后在加州大学圣地亚哥分校化