蛋白质分析路线、方法.docxVIP

次阅读 2010-9-7 17:04 |个人分类:/home.php?mod=spaceuid=440664do=blogclassid=134785view=me名家名言|系统分类:/home.php?mod=spacedo=blogview=allcatid=1科研笔记|关键词:蛋白分析 物理性质预测： Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE /pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html基于组成的蛋白质识别预测 AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 二级结构和折叠类预测nnpredict /~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html特殊结构或结构预测COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe /matsudaira/macstripe.html与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。由NCBI检索蛋白质序列可联网到：“:80/entrz/query.fcgi?db=protein”进行检索。利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列联网到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系统进行蛋白质序列的检索。通过EMAIL进行序列检索当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采用EMAIL方式进行序列检索。蛋白质基本性质分析蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。疏水性分析位于ExPASy的ProtScale程序（ /cgi-bin/protscale.pl）可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISSPROT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小（n）该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。进行蛋白质的亲/疏水性分析时，也可用一些windows下的软件如， bioedit,dnamana等。跨膜区分析有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接，观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域，但同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 数据库，可通过匿名FTP获得(http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase)，参见表一资源名称 网址 说明TMPRED /software/TMPRED_form.html 基于对tmpred数据库的统计分析PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/services/sander/predictprotein/predictprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微机版本，蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。http://genome.cbs.dtu.dk