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构建时延基因调控网络的多数据源融合算法.pdf
小型微型计算机系统 2013年2月第2期
of
JournalChinese V01．34No．22013
ComputerSystems
构建时延基因调控网络的多数据源融合算法
徐赛娟1，郭 红1，吕 暾2，3
1(福州大学数学与计算机科学学院。福州350002)
2(福州大学生物科学与工程学院，福州350108)
3(福建省超级计算中心，福州350108)
E—mail：featurel9870206@163．com
摘要：为了进一步提高基因调控网络构建的精确度，提出一种基于多数据源融合的时延基因调控网络构建算法．该算法基于
递归模糊神经网络模型，使用时序互信息估计基因问的转录时延，并限制每个基因的潜在调控基因，从而有效提高建网的效率．
在网络结构学习阶段，使用离散多目标粒子群优化(discrete swarm
multi-objectiveparticle
序基因表达数据和CHIP-chip数据共同构建基因调控网络．人工模拟数据和酵母茵细胞周期表达数据的实验结果表明该算法
能正确选出潜在的调控基因，从而更加精确地构建基因调控网络．
关键词：基因调控网络；递归模糊神经网络；多数据源融合；时延；时序互信息
中图分类号：TP399 文献标识码：A 文章编号：1000．1220(2013)02-0375-05
AMulti·sourceFusion for Gene Network
AlgorithmConstructingTime-laggedRegulation
XU Tun2·3
Sai-juanl。GUOHon91。LV
ofMathematicsand Fuzhou
1《College ComputerScience，FuzhouUniversityt350002．China)
of Scienceand
2(CollegeBiological Technology．FuzhouUniversity-Fuzhou350108。China)
3
Fuzhou
l F啦JanSupercomputerCenterl 350108。China)
ordertofurther the oftheconstructed
Abstract：In forwardan to
improveaccuracy generegulationnetwork。thispaperputs algorithm
construct networkbasedonmulti—sourcefusion．BasedOilrecurrentneuralnetwork
time—lagged
generegulation fuzzy model-the
algo-
rithmestimates between timeseriesmutualinformationandalsolimits ofeach
transcriptiondelay genesusing potentialregulation
genes
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