自养细胞仿真生物.pptVIP

* 二维模型方案分析 本文所介绍的是基于仿真生物膜模型生长的单体细胞.每一种微生物细胞可以模拟成一类其特性能够由一些热力学参数、力学性质、生理条件以及环境因素所控制的自养主体。在这个二维设计方案所述中，将细胞用珠子代替，通过链波动算法用自闭合的链连接起来。使得细胞被细胞膜的劲度和压强梯度共同约束。 模型补充：营养物质的扩散、流失的明确阐述，细胞分裂和细胞衰亡的过程，细胞与菌落生长表面的吸引作用。通过调整模型参数使得使各种生物膜发育直至成熟。 1.引言: 生物膜是微生物群落的一种普通形式,它与接触液体的外膜有着密切的关系。比如说我们能够在输水管、手术器械、甚至是牙齿表面找到活细菌生物膜。生物膜区别与其他微生物的是在细胞外有很多的高分子聚合物（EPS）嵌入于这些细胞中。 在过去的三十年中一直在沿用这个数学模型，来更深入地去了解微生物生物膜的生长与习性。每一类模型可以将生物膜当作是在空间均匀，稳态条件下包含单一物种的薄膜。 近年来,提出了利用一些生物膜数学模型,用来进行微观方向的研究。 这些模型分成两个等级: 1.连续型模型. 2.叫做离散型模型. 连续型模型的机理运用平均场型法。大多数离散型模型则利用诸如细胞自动机这类离散模型的方法来模拟限制微生物细胞的生长。 另一类离散型模型又称为以基于单一结构（基于微观结构）的模型[17-19].此方法与本文中所介绍的方法类似,都认为将单体细胞作为一种独立的因子。 2.生物模型 为了能够设计出可靠性好，计算合理的生物膜模型，必需做以下两点：（a）首先，选择合适的计算方法，也就是说，要与粗粒化的物理现象相符。（b）其次要明确维持模型的必要方法。 2.1链式波动运算法则 运用LMC算法来模拟各种生物膜的物质成分. 此方法是由高分子科学中得到启示,所以的疑问可以简化为一系列的控制栅格内粒子不规则碰撞的规则.这些粒子可以由不同方式连接起来,粒子之间通过不同的电势互相作用,其位移会因外部因素而产生一定偏移.最后栅格控制着一些边界条件.这样便可以通过这些规则,链接,电势,外因以及边界条件完整的定义出这个模型. LMC的技术非常有效，并且能够对各种自然现象进行研究。如图所示：图1显示了关于键长涨落算法的简单的2D描述这里采用[20]。BFA使用正方晶格，最小的可能的对象是一个单一的栅格嵌板（将调用的一个单体）。值得注意的是，两个单体不能公用一个格子区域：这取决于单体之间的体积排阻。三种单体的仅限于栅格内沿着笛卡尔坐标系区域的四个方向运动 （正负或x正负y).如果BFA跳跃符合以下这样的规定，如果体积排阻和metropolis能量测试的所有条件，它才能实现（21）。 细胞膜将细胞质同外界分开,它的作用还包括与其他细胞表面进行物质交换并确定其物理性质。因此，我们需要一个有代表性的膜，描述它的属性和使用简单算法的规则。要做到这一目标，我们需要借鉴高分子科学计算工具：膜的链式波动运算的对象是一个单体，把它们链接在一起，形成一个封闭的环（图1b）。正如我们将在后面看到，细胞的分裂是使用这种方法从而容易实现的。 (a)链式波动运算示意图 (BFA)。 虚线圆圈表示在遵循链式波动运算法则的前提下单体2和单体4其他的可能位置。 (b)作用在细胞模型的BFA聚合物环;θ表示连续链的内角。 (c)细胞生长: 在两个连续单体之间插入一个新的单体。 在二维链式波动中，单体之间化学键的l长度应该限制在 。如果单体之间不能相互接触,那么这个长度的限制自动确保了BFA链连接和排斥（即连锁不会互相交叉）。我们还注意到BFA是已知的两种二维和三维的遍历[20]。原则上，一个可以关联能源等的模型比如拉伸（或压缩）成本模型都会有自己的能量。例如，我们可以使用谐振子势的形式 表示平均键长。事实上，这很可能是因为系统所需的压力大，因为BFA模型不能无限期地被拉伸或压缩。在某些情况下，甚至会面临由于长期移动使系统排斥而出现的亚稳态。而在这篇介绍性的文章里，我们将使用简单的情况下能自由链接而不会导致问题的模型。 细胞膜被运用于机械方面的考虑让我们的模型与现有的生物膜模型不同。另一方面，只有少数参数是必要的。这些参数如表1所示。下面的小节描述我们如何对这个问题的模型通过可随时用于广泛的LMC的模拟生物膜的增长和变化的各种要素的BFA算法来解决，注意:其中所有的能量将用单位 衡量。 2.2细胞壁表面 生物膜在表层形成，生长在仿真生物膜上的细胞壁由是一系列相邻稳定的单体组成（如图2a-c）。后者在仿真模型中不会发生改变，但它们会和模型中其他单体之间相互作用，下文中将继续解释这一现象。以w代表细胞壁具有的性质。 注意的是这里的细胞壁本身并没有达到物理化学平衡.事实上细胞壁表面具有物理粗糙度(包括一些突起和裂缝)和化学粗糙度(能量之间