水稻稃片白化突变体ds插入位点和标记基因-ds insertion site and marker gene of albino mutant in rice lemma.docxVIP

水稻稃片白化突变体 Ds 水稻稃片白化突变体 Ds 插入位点与标记基因的分子鉴定 中文摘要 水稻稃片白化突变体 Ds 插入位点与标记基因的分子鉴定 中文摘要 水稻功能基因组学是当前水稻分子生物学研究的热点。Ac/Ds 转座元件被广泛应 用于功能基因组学中突变体库的构建，在功能基因组学研究中具有重要作用。本研究 以含 Ds 元件的水稻稃片白化突变体为材料，采用 TAIL-PCR 技术分离 Ds 侧翼序列， 确定稃片白化突变体基因组上 Ds 的染色体定位和基因位点，在此基础上，基于 cDNA 末端快速扩增技术（RACE）扩增 Ds 标记基因 cDNA 的 3′端序列，进一步分析 Ds 的插入对标记基因结构和表达的影响。结果包含以下几个方面： 1．稃片白化突变体初步的形态和生理学鉴定。稃片白化突变体水稻植株抽穗后， 内外稃片和小梗颜色均为白色，而其他具有绿色组织的部位颜色表现正常，与野生型 水稻一致。SPSS 软件分析获得的株高、旗叶长、旗叶宽、穗长等性状的数据，结果 表明，突变体水稻植株高度明显低于野生型水稻，突变体植株旗叶明显长于野生型水稻。 2．TAIL-PCR 技术扩增稃片白化突变体基因组上 Ds 插入位置旁侧序列，生物信 息学初步分析表明，稃片白化突变体在第 1、2、3 号染色体上均有 Ds 插入。 Ds 插入在 1 号染色体（gene: OSJNOa234E14.3，protein ID: BAD69439.1）上，该 基因有 6 个外显子和 5 个内含子，Ds 插入在第 6 外显子上，基因编码 258 个氨基酸， 推测的编码产物为 CBS 结构域蛋白，具有一个保守的两串联重复 CBS 结构域。 Ds 插入在 2 号染色体（gene: OJ1058_F07.11，protein ID: BAD19323.1）上，该 基因有 2 个外显子和 1 个内含子，Ds 插入在 3′端非编码区上，基因编码 237 个氨基 酸，推测的编码产物为未知蛋白。 Ds 插入在 3 号染色体（gene: OSJNBa0054H04.28，protein ID: AAR89005.1）上， 该基因有 4 个外显子和 3 个内含子，Ds 插入位置在第 4 外显子，Ds 在该插入位点有 切离并留下 8 bp 的“CATCATGA”足迹序列，该基因编码 549 个氨基酸，推测的编 码产物为氧化还原酶，具有保守的 DIOX_N 结构域和 2OG-Fe（II）氧化还原酶结构 域。SWISS-MODEL 蛋白同源软件预测，该蛋白与玉米无色花色素双加氧酶具有相似 的蛋白空间结构。 3. RACE 技术验证 Ds 的插入对基因结构和表达的影响。结合生物信息学分析的 I PAGE PAGE IV 中文摘要 水稻稃片白化突变体 Ds 插入位点与标记基因的分子鉴定 结果表明，与野生型水稻相比，突变体水稻中编码类 CBS 结构域蛋白的基因和编码 假拟氧化还原酶的基因都有新的表达产物出现，基因的结构都发生改变。 Ds 插入引起编码类 CBS 结构域蛋白的基因第 3 个外显子由 81 bp 增加至 108 bp， 最后的 3 个外显子消失，此外，原第 3 个内含子中 27 bp 的序列外显子化加入至原第 3 外显子，紧邻的长 117 bp 的序列转为 3-UTR 序列。SWISS MODEL 软件对蛋白质 同源分析预测表明，基因结构改变后编码的蛋白质空间结构与一个假拟信号传导蛋白 空间结构相似。 编码假拟氧化还原酶的基因末位外显子由 570 bp 缩短为 312 bp，缩短后的外显 子中还包括部分的 Ds 序列，而 Ds 标记基因的 3-UTR 序列均为 Ds 序列。蛋白质结 构预测结果表明，新形成的蛋白质与原来蛋白质空间结构相比，减少了 1 个 α 螺旋和 3 个 β 折叠以及部分无规卷曲，同时也延伸了原有的一个 α 螺旋。 本研究结果表明，筛选到的该稃片白化突变体是一个 Ds 多拷贝插入突变体，基 因转录水平表达产物的差异，显示了 Ds 的插入引起了相关基因外显子改组以及内含 子序列和部分 Ds 序列外显子化。Ds 介导的外显子改组与外显子化现象有助于深化了 解 Ds 的转座机制以及水稻稃片白化表型相关基因的功能研究。 关键词：水稻；稃片；白化突变体；Ac/Ds；TAIL-PCR；RACE 作 者：程 孝 指导老师：孙丙耀 水稻稃片白化突变体 Ds 水稻稃片白化突变体 Ds 插入位点与标记基因的分子鉴定 英文摘要 Molecular identification of Ds insertion sites and Ds-tagged genes in a rice mutant with white palea and lemma Abstract Rice fu