Julia语言在动物育种中应用.docVIP

Julia语言在动物育种中应用 　　摘 要：Julia语言是高性能、动态编译的高级计算机语言，具有极强的灵活性，适合于解决数值和科学计算问题，拥有与传统的静态型语言相媲美的执行速度，Julia语言的开发目的是创建一个功能强大、易用性好和高效的单一语言环境。在动物育种中使用Julia语言可以编写语法简洁，且运行速度接近于Fortran或C++编写的程序。该文提供了7个动物育种中常用程序的Julia代码及示例，包括计算分子血缘相关矩阵（A）、分子血缘相关逆矩阵（A-）、近交系数、设计矩阵、分块矩阵，混合模型方程组（MME）和基因组关系矩阵（G）。这些代码可以为编写动物育种实用程序及相关教学活动奠定基础。 　　关键词：Julia语言；动物育种；计算生物学 　　中图分类号 Q819 文献标识码 A 文章编号 1007-7731（2015）18-12-04 　　Application of Julia Language in Animal Breeding 　　Mei Bujun1，3 et al. 　　（1Agriculture department，Hetao College，Bayannur 015000，China；3Department of Animal Science，Iowa State University，Iowa 50010，USA） 　　Abstract：Julia is a high-performance，high-level dynamic programming language for technical computing.It is a flexible dynamic language，appropriating for numerical and scientific computing，with execution comparable to traditional statically-typed languages.Julia aims to create an quite unusual combination of power，ease-of-use，and efficiency in a single language.The reasons why I have a preference for Julia in animal breeding are：speed and nice syntax.The paper offers 7 source codes in research of animal breeding，including calculating additive relationship matrix or numerator relationship matrix（A），inverse of additive relationship matrix（A-），inbreeding coefficient，design matrix，block or direct matrix，mixed model equation（MME），and genomic relationship matrix coefficients（G）.These programs can be used as a basis for practices of animal breeding and also used for education in animal science. 　　Key words：Julia language；Animal breeding；Computational biology 　　随着基因组测序技术的发展，基因组测序成本不断降低，基因组测序数据逐渐在动物育种中广泛使用，这些进展增加了我们对分子水平数量性状的遗传机理的认识，为进一步提高育种效率奠定了基础，特别是对那些使用现行的育种方法效率不高或不能获得理想改良效果的性状。然而，新的理论和方法一般都会涉及大量复杂的运算，这一方面有赖于高性能的计算机硬件设备的发展，另一方面也需要有适应动物育种特点的先进的计算方法。同时，伴随着遗传育种理论和方法的不断发展，新的计算方法也不断出现。一方面，动物育种理论和方法的发展产生了新的计算问题；另一方面，不断涌现的新的计算方法又催生了动物育种理论和方法的新发展。因此，计算技术、方法的研究一直是动物育种理论研究和应用研究中不可或缺的关键技术领域。不掌握这些技术方法，就不具备真正理解现代动物育种理论和方法的基础，也就难以开展较为深入的研究。 　　虽然有许多现成的软件或程序可以解决动物育种中的诸多问题，但是由于实践中会出现林林总总的计算问题，编写程序仍然是育种工作