棉花与模式植物DGAT2基因鉴定与分析.docVIP

棉花与模式植物DGAT2基因鉴定与分析 　　摘要：二脂酰甘油酰基转移酶Ⅱ（DGAT2）是催化三酰甘油生物合成的关键酶，利用生物信息学手段在二倍体棉花和6种模式植物中共鉴定出25个DGAT2基因，详细剖析这些基因的结构、序列和进化特征。基因结构分析表明，绝大多数植物包含8个或9个外显子，且内含子相位高度保守，说明该基因结构起源于陆生植物。蛋白序列分析显示，核心保守基序1、2、3与功能结构域相互重叠，说明功能结构域起源于藻类植物。进化分析显示：在棉花中，DGAT2基因发生特异性扩增，其分子机制为串联重复；结合滑动窗口方法和位点模型选择压力检测结果，DGAT2蛋白均受制于负选择作用。这些结果为棉花及模式植物DGAT2的功能研究提供帮助。 　　关键词：二酰甘油酰基转移酶；保守基序；棉花；模式植物；进化 　　中图分类号： S562.03；Q78文献标志码： A文章编号：1002-1302（2016）10-0069-04 　　收稿日期：2015-08-28 　　基金项目：周口师范学院高层次人才科研启动经费（编号：ZKNU2014109）；周口师范学院大学生科研创新基金（编号：ZKNUD15037）。 　　作者简介：张晓琼（1991―），女，河南安阳人，硕士研究生，主要从事植物遗传学研究。E-mail：zxqxiaoqiong00@163.com。 　　通信作者：胡利宗，博士，副教授，主要从事植物遗传学研究。E-mail：hulizong@126.com。二酰甘油酰基转移酶（DGAT，EC 0）是催化三酰甘油（TAG）合成最后一步的关键酶[1]。目前，在植物中存在3种类型的DGAT，即DGAT1、DGAT2和DGAT3[2]。前人研究表明，DGAT1、DGAT2和DGAT3隶属于不同基因家族，其蛋白序列相似性极低，但三者均具有二脂酰甘油酰基转移酶活性，过表达这些基因均可不同程度提高植物种子含油量[3]。前人研究显示，DGAT酶参与种子油脂合成、种子萌发与发育以及幼苗发育等众多生物学过程，具有多样化的功能[4]。自Lardizabal等成功克隆MrDGAT2基因以来，在人类、拟南芥和藻类等物种中均克隆出DGAT2基因[5-7]。DGAT2基因功能研究显示，DGAT2基因具有底物特异性，优先利用特殊脂肪酸进行三酰甘油合成[8]。因此，DGAT2基因的相关研究越来越受到人们的重视。棉花不仅是一种重要的经济作物，还是天然纤维与油料作物。虽然在棉花纤维发育、纤维品质以及抗逆性等方面开展了许多研究，但棉花DGAT2基因的研究仍未见报道。此外，二倍体雷蒙德氏棉[9]和亚洲棉[10]全基因组序列测定已经被完成，这为在棉花中研究DGAT2基因提供了数据资源。利用生物信息学手段鉴定棉花DGAT2基因，并剖析这些基因的结构、保守基序、功能结构域以及系统进化关系。这些结果能为阐明棉花油脂积累的分子机制奠定基础，为进一步研究棉花DGAT2基因的功能提供线索。 　　1材料与方法 　　1.1物种抽样与基因序列下载 　　本研究涉及的物种包括亚洲棉、雷蒙德氏棉和其他6种模式植物。序列下载步骤为：在NCBI数据库直接检索并下载已知的DGAT2基因序列，以这些序列为检索序列，利用BLAST工具在默认参数条件下分别搜索相关数据库CottonGen（http：///）、Greenphyl V4（http：///cgi-bin/index.cgi）和Phytozome V9.1（http：///），最终获取棉花及其他模式植物的DGAT2基因。并利用Pfam工具[11]确定这些基因是否含有DAGAT（PF03982）。 　　1.2序列特征与蛋白特性分析 　　通过DNA和cDNA的比较，棉花与模式植物DGAT2基因外显子和内含子的组织结构模式被鉴定，由GSDS 2.0工具绘制[12]。MEME服务器被用于剖析棉花与模式植物DGAT2蛋白的保守基序组成模式，参数设置如下：保守基序氨基酸长度为6～180 bp；保守基序数目最大值为10；E阈值为 0.000 01，其他参数默认[13]。此外，利用HMMTOP工具剖析DGAT2蛋白的跨膜结构域的数目与位置[14]。 　　1.3系统进化与选择压力检测 　　为阐明DGAT2蛋白的系统进化关系，利用Clustal X软件[15]在默认条件下对DGAT2蛋白进行序列比对，其比对结果直接导入MEGA软件[16]中，输出进化树并进行细微调整。在进化树的末端，可鉴定出同源基因对，同时基于滑动窗口方法剖析同源基因对的选择压力，其计算由DnaSP 5.10完成，参数设置为：滑动窗口100 bp和步长10 bp[17]。此外，利用Pal2nal工具准备所有DGAT2基因的密码子比对序列[18]，利用位点特异模型对DGAT2基因进行选择