模糊基因网络构建.docVIP

模糊基因网络构建 　　摘 要：提出了一种新颖的方法来预测基因调控网络，即将模糊理论引入基因网络的构建。详细阐述了利用模糊理论为基因调控网络建模的机理，并初步建立了模糊基因网络，对进一步理解肿瘤与癌症的发生和发展机理有重要的借鉴意义。?? 　　关键词：模糊控制； 基因网络； 差异表达基因?? 　　中图分类号：TP301.6 文献标志码：A 　　 文章编号：1001-3695(2008)09-2617-03 　　?? 　　Construction of fuzzy gene net 　　??SUN Liang, LI Qing??shuo, LI Jian??geng, DUAN Yan??hua 　　??(College of Electronic Information Control Engineering， Beijing University of Technology, Beijing 100022, China) 　　??Abstract:This paper put forward a novel method to forecast gene net that was inducing fuzzy theory.Firstly，permutation test was used to identify differently expressed genes after eliminating noise signal. Then the importance of a gene in classifying the normal and tumor was estimated based on the gene’s entropy. In detail,negative big（NB）,negative middle（NM）, negative small（NS）,zero（0）,positive small（PS）,positive middle（PM）, positive big（PB）7 ranks were introduced to sort the different gene expression values. The relations between two genes were figured by seven “if??then?病? rules according to genes’ expression values. In conclusion，a new method to construct fuzzy gene net model was introduced and it was useful to comprehend the occurrence and development of tumor and cancer. At last, MDM2??p53 fuzzy gene net is succeeding in describing the relations between them.?? 　　Key words:fuzzy control；fuzzy gene net；different gene expression?お? 　　 　　人体中，基因调节机制是一个非常复杂的过程。从细胞生物学的观点来看，基因表达水平影响基因调节过程。正常细胞中的基因通过多步调节机制来控制细胞生长、差异、重生和细胞凋亡过程。在不同的基因调节机制下，基因表达水平的表达水平也不尽相同。癌症是由于许多外界因素导致基因调节机制的改变，癌症基因的表达水平与非癌的不同。基于传统的观点，基因的调节状态可以被简化地归为激活和抑制两类。生物信号通过一对一的调节机制逐渐地被转移和扩散到下游基因，从而达到调控基因表达的目的。?? 　　目前，研究者已经建立基因调节网络模型的有贝叶斯网络、布尔网络、加权矩阵网络等[1]，每种方法都有各自的特点和意义。然而，基因之间的调节是一种非常复杂的生命现象，不仅仅是简单的激活和禁止的调节机制。本文认为，基因在不同时期表达水平的差异对基因调节机制有重要的影响。因此，提出了一种新颖的生物学研究方法来预测基因调控网络――模糊基因调节网络。此方法把基因的表达水平分成若干个等级，以模糊语言的形式来描述基因之间的相互关系。这种新方法用于构建基因网络取得了很好的效果。?? 　　 　　1 前提理论与举例?? 　　 　　1.1 Permutation test识别差异表达基因[2]?? 　　差异表达基因是揭示正常与异常的重要线索。首先，permutation test识别差异表达基因，即比较两基因表达水平均值是否有差异。个样本。?? 　　a)在一