b4基因电子克隆和生物信息学分析.PDFVIP

江苏农业科学　２０１８年第４６卷第９期 — ５１— 梅菊芬，徐德良，汤茶琴，等．茶树ＣｓＬｈｃｂ４基因的电子克隆与生物信息学分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１８，４６（９）：５１－５５． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１８．０９．０１０ 茶树 ＣｓＬｈｃｂ４基因的电子克隆与生物信息学分析 梅菊芬，徐德良，汤茶琴，周静峰，邵元海 （无锡市茶叶品种研究所／江苏省茶树种质改良与推广工程技术中心，江苏无锡２１４１２５） 　　摘要：采用电子克隆方法获得茶树ＣＰ２９蛋白的ｃＤＮＡ序列（ＣｓＬｈｃｂ４），并进行相关生物信息学分析。结果表明， 该基因包含１个８５８ｂｐ的开放阅读框，编码２８５个氨基酸，分子量为３１．１ｋｕ，理论等电位点５．７９。该基因为亲水蛋 白，可能位于叶绿体上，属于叶绿素ａ／ｂ连接蛋白超家族成员，其二级结构主要是 －螺旋和无规则卷曲，三级结构构 α 建模型为单体形式。序列进化分析表明，茶树ＣｓＬｈｃｂ４基因编码蛋白与大豆、欧洲大叶杨和陆地棉进化距离最近。以 上结果为进一步分析ＣｓＬｈｃｂ４的功能及花青素代谢中的作用奠定基础。 　　关键词：茶树；ＣｓＬｈｃｂ４；电子克隆；生物信息学；亲水蛋白；叶绿体；序列进化分析 　　中图分类号：Ｓ５７１．１０１；Ｑ７８５　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１８）０９－００５１－０４ 　　光合作用产物是人类赖以生存和发展的基础，光捕获是 叶色品种的选育成为茶树新品种选育的热点。研究表明，光 ［１１］ 植物光合作用的重要过程。在高等植物中，捕光叶绿素ａ／ｂ 是诱导茶树花青素形成的主要原因 ，光合作用与花青素的 结合蛋 白（ｌｉｇｈｔｈａｒｖｅｓｔｉｎｇｃｈｌｏｒｏｐｈｙｌｌａ／ｂｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ， 合成之间是否存在一定关系有待于研究。本研究从紫芽中筛 ＬＨＣ）是光捕获中的重要功能蛋白，其与叶绿素ａ／ｂ形成复合 选到下调表达基因片段，Ｂｌａｓｔｘ比对为Ｌｈｃｂ４的部分基因片 体，将光能迅速传到光系统 （ＰＳ ）和光系统 （ＰＳ ）的反 段。以该基因片段为探针，在ＮＣＢＩ中Ｂｌａｓｔ检索茶树中与探 Ⅰ Ⅰ Ⅱ Ⅱ ［１］ 应中心，使光能转化为化学能，促进光合反应的进行 。 针序列相似性较高的ＥＳＴｓ，然后利用 ＤＮＡｓｔａｒ进行序列拼 ＰＳ 和ＰＳ 都含有各自的ＬＨＣ，即ＬＨＣ 和ＬＨＣ 。其中， 接，得到茶树叶绿素ａ／ｂ结合蛋白ＣＰ２９基因（ＣｓＬｈｃｂ４），利用 Ⅰ Ⅱ Ⅰ Ⅱ ＬＨＣ 在类囊体膜上的含量最为丰富，它所结合的叶绿素约 生物信息学技术预测该基因编码蛋白的理化性质和结构分 Ⅱ 占类囊体膜上色素量的５０％，目前研究较多，也是结构较清 析，为后续研究ＣｓＬｈｃｂ４与花青素代谢的关系提供参考。 ［１－３］ 楚的一类膜蛋白 。ＬＨＣ 被认为是一类结构相似、进化 Ⅱ １　材料与方法 相关、由核基因家族（Ｌｈｃｂ）编码的蛋白，与色素所形成的色素 蛋白复合体家族，含有保守的叶绿素结合（ｃｈｌｏｒｏｐｈｙｌｌｂｉｎｄｉｎｇ， １．１　材料 ＣＢ）结构域，它们除进行光能的捕获与传递外，还广泛参与了 笔者所在研究组从紫芽中筛选的差异表达基因片段 激发能在ＰＳ 和ＰＳ 之间的调节与分配、类囊体膜结构的维 （Ｄ－ＺＹ－５），经Ｂｌａｓｔｘ比对为Ｌｈｃｂ４的部分基因片段。 Ⅰ Ⅱ