草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析-水产养殖专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 上海海洋大学硕士学位论文 答辩委员会成员名单 姓名 工作单位 职称 备注 王群 华东师范大学 教授 主席 邱高峰 上海海洋大学 教授 委员 汪桂玲 上海海洋大学 副教授 委员 牛东红 上海海洋大学 副教授 秘书 答辩地点 水产与生命学院 C217 答辩日期 2014/5/21 上海海 上海海洋大学硕士学位论文 草鱼微卫星标记开发及 9 个养殖群体遗传多样性分析 摘 要 草鱼（Ctenopharyngodon idella）在黑龙江、珠江和长江等水域中 分布广泛，是我国最重要的淡水养殖鱼类。本研究通过磁珠富集法， 分离筛选多态性微卫星标记 400 余个，为草鱼遗传连锁图谱加密工作 打下基础；建立了 5 组适用于检测草鱼不同群体遗传多样性的微卫星 多重 PCR 体系；对来自国内外共 9 个草鱼养殖群体进行了遗传多样性 研究，以期为草鱼种质资源的监测、评估和利用提供理论依据。主要 内容如下： 1. 草鱼多态性微卫星标记的筛选与分析 通过改进的磁珠富集法，以生物素标记(CA)10 和(GACA)6 作为探 针，构建以两碱基和四碱基为重复单元的草鱼微卫星文库，一共得到 3000 余条含有微卫星片段的序列。设计引物，并依次通过 AGE 和 PAGE 电泳检测，成功筛选出多态性微卫星引物 465 对，从中随机挑 选 25 对，对 60 个黑龙江草鱼基因组 DNA 进行扩增和 STR 分型，分 析其多态性水平。结果显示：此 25 个微卫星位点全部表现出多态性， 每个位点等位基因数量在 3-15 之间，平均值为 6.52；观测杂合度 0.350-0.950；期望杂合度 0.439-0.843； 3 个位点表现出偏离群体哈迪- 温伯格平衡 (P0.05) ； 18 个位点显示出高水平 的 多 态 信 息 含 量 (PIC0.5)，可以作为草鱼遗传连锁图谱加密的备用标记，同时也能够 作为草鱼遗传多样性、遗传结构等研究的理想微卫星标记。 2. 适用于检测草鱼不同群体遗传多样性的微卫星多重 PCR 体系建 立 通过从草鱼遗传连锁图谱和自主开发的微卫星磁珠富集文库中挑 选出杂合度高、且位点丰富的多态性微卫星标记共 53 个，合成荧光 引物，经 4 个不同野生草鱼基因组 DNA 二次筛选、组合，建立起 5 I 组多重 PCR 体系（共 20 个微卫星标记），通过来自沅江、成都、洪 湖和安乡群体共 80 个草鱼基因组 DNA 进行多态性检测。结果显示： 等位基因数（Na）介于 8-28 之间，有效等位基因数（Ne）介于 3.09- 19.66 之间，观测杂合度（Ho）介于 0.713-0.975 之间，期望杂合度 （He）介于 0.681-0.955 之间，多态信息含量（PIC）介于 0.652-0.947 之间，20 个微卫星位点全部属于高度多态性位点（PIC0.5）。此 20 个多态性微卫星位点的多态信息含量、杂合度和等位基因数均属于较 高水平，能够提供丰富的遗传信息，适用于草鱼不同群体的遗传多样 性和遗传结构检测分析。 3. 国内外 9 个草鱼养殖群体的遗传多样性分析 利用自主开发的多重 PCR 体系，对来自长江流域（沅江、成都、 洪湖和常德安乡）、天津、韶关以及越南北宁、印度戈勒克布尔和尼 泊尔黑道达共 9 个草鱼养殖群体进行了遗传多样性和遗传结构分析。 遗 传多样性 分析显示 ，所有位 点均为高 度多态性 位点（ PIC 介于 0.542-0.950），9 个养殖群体显示出较高的遗传多样性水平（Ho 介于 0.552-0.972），国内 6 个以及越南群体的遗传多样性水平相对较高。 瓶颈效应显示，9 个群体杂合过剩严重，除成都群体外，其余群体都 不同程度偏离突变-漂移平衡，说明由于人为因素，草鱼养殖群体数量 近期发生骤降，遗传基因的正常世代传递和改变（遗传漂变）受到严 重威胁。群体遗传分化指数（FST）和 AMOVA 分析结果表示，群体 内以及群体间均显示出极显著遗传分化，整体分化水平较高（群体间 53% 达 到 了 低 度 或 中 度 遗 传 分 化 ， FST0.05 ） 。 遗 传 距 离 分 析 和 UPGMA 聚类树结果显示，国内 6 个群体间遗传距离较近；越南和国 内群体遗传距离相对较近，印度和尼泊尔群体较为独立。遗传结构分 析显示，9 个群体被划为 6 个理论群，安乡和韶关群体较独立，其余 3 个长江流域和天津群体遗传信息相似，国内群体（除韶关外）与越 南群体遗传信息渗透广泛，印度和尼泊尔群体遗传结构独立性极高。 关键词：草鱼，微卫星标记，遗传多样性，养殖群体 II Isolation of Microsatellite Markers in Grass Carp (Ctenopharyngodon idella