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泛素偶联系统的生物信息学研究-生物信息技术专业论文
独创性声明
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日期: 年 月 日 日期: 年 月 日
摘 要
泛素和类泛素偶联是最重要的蛋白质翻译后修饰之一,负责调控各种各样的生物 学过程。在真核生物中,泛素化和其它类泛素修饰有相似的酶级联 E1(泛素激活酶)
-E2(泛素偶联酶)-E3(泛素蛋白连接酶)。泛素和类泛素研究发现了一千多个具有 活性的酶,但是不能确定它们的正确分类以及在物种中的准确数量。经过文献检索, 已收集到 E1, E2, E3 和 DUB 的数量分别是 26、105、1003 和 148。综合文献中的各种 观点,所有酶分为 1、3、19 和 7 个家族。对活性结构域保守的 E1, E2, E3 和 DUB 家 族,分别建立了 1、1、15 和 6 个隐马可夫谱。对活性结构域不保守的家族,采用了 双向 BLAST 的同源搜索办法。经过实验验证的酶作为测试集,评估了预测性能和隐 马可夫谱识别的特异性。最后,本文构建了泛素和类泛素偶联酶的数据库 UUCD (Ubiquitin and Ubiquitin-like Conjugation Database),包含 E1, E2, E3 和 DUB 酶的数量 分别是 738、2937、46631 和 6647,这些酶分布在 70 种真核生物中。利用泛素和类泛 素偶联酶,可以分析泛素和类泛素偶联系统与复杂疾病的关系。在 Cancer Gene Census 和 Drugbank 这两个数据库中,发现只有 27 个癌症基因和 16 个药物靶点与人类的泛 素和类泛素偶联酶相关。通过超几何分布的统计学分析,发现它们在泛素和类泛素偶 联系统中不显著 (P-value 0.05)。但是 KEGG 的分析结果显示泛素和类泛素偶联酶在 小细胞肺癌相关的 PI3K-Akt 信号、细胞循环、自噬和 p53 信号通路中起着重要的作 用。
E3 能特异性地识别底物,决定泛素化修饰的特异性。目前已开发有多种预测泛素 化位点的工具,但它们不能揭示底物位点和 E3 的关系。通过文献检索,本文发现 1027 个具有 E3 特异性的位点。单个位点可能对应多个 E3,按照位点和 E3 的一对一原则, 整合出 1214 对 site-E3 组合。根据 UUCD 数据库中 E3 的分类原则,全部 site-E3 组合 可分为类、组、亚组、家族和个体五种水平。在家族水平上可分为 10 个数据集,在 个体水平上可分为 92 个数据集。E3 特异性的位点预测选在家族和个体水平上进行。 训练过程采用 GPS 2.2 (Group-based Prediction System, version 2.2) 算法中的模体长度
I
选择、权重训练和矩阵突变。每个数据集的 cutoff 分为 high, medium 和 low 三种水平,
分别对应于假阳性率 (False positive rate, FPR) 为 2%、6%和 10%时的阈值。根据上述 分类、训练结果以及 cutoff 设置,本分开发了具有层次分类结构的 E3 特异性的泛素 化位点预测工具 GPS-PLUB 1.0,可以预测 10 种 E3 家族和 92 种 E3 个体特异性的泛 素化位点。此外,GPS-PLUB 1.0 可对实验发现的 141076 个泛素化位点进行大规模预 测。
泛素偶联类型是底物位点泛素化的具体表现形式,包括单聚泛素化和不同链类型 的多聚泛素化。每种泛素偶联类型能决定底物的功能。许多泛素化研究难以揭示底物 的 E3 酶,但是容易验证底物的泛素偶联类型。大量位点泛素偶联类型数据的产生, 迫切需要预测工具对数据特征进行整合。通过文献检索,收集到 1485 个含泛素偶联 类型的位点。单个位点可能对应多个泛素偶联类型,按照位点与泛素偶联类型的一对 一原则,整合出 2122 对位点与泛素偶联类型的组合。所有组合可分为 2 个组、2 个亚
组和
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