原核生物基因组肽编码sORFs分布和功能特征.PDFVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2018, 45(1): 59~67 核生物基因组肽编码sORFs 分布及功能特征* 1, 2)** 1, 2)** 1, 3)** 1, 2)*** 1) 1, 2) 宜亭 张 凤 赵 佳 于家峰 沙玉杰 王吉华 1) 2) ( 山东省生物物理省级重点实验室，德州学院生物物理研究所，德州253023； 德州学院物理与电子信息学院，德州253023 ； 3) 山东师范大学生命科学院，济南250000) 摘要 近期，从非编码RNA 中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs)，激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的 研究兴趣，sORFs 迅速成为当前重点研究领域 由于表达水平及丰度低、序列短等因素，对肽编码sORFs 的有 研究方法及 数据资源还很缺乏，现有研究仅集中在少数真核模式生物，对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少，肽编码sORFs 的 发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战 在此背景下，本文首先系统研究了80 余种不同类型原核生物中长度小 于 100 个氨基酸的肽编码sORFs 分布及功能特征，并对不同长度区间sORFs 的序列组成、分布及进化特征进行了对比分 析 结果表明，肽编码sORFs 在原核生物基因组普遍存在，随着序列长度的降低，其序列复杂度降低，行使的生物功能也 相对集中 在此基础上，进一步结合当前肽编码sORFs 研究现状，深入总结了肽编码sORFs 研究存在的问题及挑战，为今 后肽编码sORFs 研究奠定了坚实理论基础 关键词 小开放阅读框，原核生物基因组注释，蛋白质编码基因 学科分类号 Q61 DOI: 10.16476/j .pibb.2017.0109 [6] 2016 年，德克萨斯大学Eric 教授团队在 《科 果的假阴性 因此，肽编码sORFs 的发现具有重 学》(Sc ience)杂志报道了一种由位于lncRNA 上的 要的学术意义，尤其在以“精准”为标签的组学测 小开放阅读框(small open reading frame，sORF) 编 序快速发展的现在，肽编码sORFs 的发现似乎表 码的小肽DWORF[1]，长度仅为34 个氨基酸，在心 明人们在某种程度上对基因组的认识转了一圈又回 肌收缩中发挥重要作用 DWORF 的发现引起了人 到了原点 目前，已有大量研究证实了肽编码 [8-9] 们对sORFs 及其编码多肽(sORFs encoded peptides， sORFs 在生命活动中发挥重要生物学功能 ，但由 SEPs)这种长期被忽略的基因组元件的空前关注， 于其表达水平及丰度低、序列短、实验技术缺乏等 激发了人们对非编码RNA 的激烈争论，成为当前 诸多因素，对sORFs 的研究还处于初级阶段[6, 10-11]， 研究的重点领域[2] 一方面，能否编码蛋白质一直 能够有 识别sORFs 的生物信息算法及相关数据 [12-13]