酵母数量性状主效基因的定位分离及克隆-遗传学专业论文.docx

复旦大学博士学位论文 复旦大学博士学位论文 酵母数量性状主效基因的定位分离及克隆 酵母数量性状主效基因的定位分离及克隆 (摘要) 解析复杂性状多基因的遗传结构(包括多基因系统中主效基因的定位识别， 遗传效应及相互作用模式，表达调控网络性质等)，是功能基因组学研究中最具 挑战性的领域之一。而目前复杂性状基因定位的现状是，成功克隆到主效基因的 不足二十例。主要有两方面原因：现有的理论算法大多依赖于性状的遗传模式(加 性，显性或上位性)，而实际常常是对性状的遗传机制研究又不深，往往导致作 图的偏离；另外，应用于动植物及人类多基因定位的分离群体或家系材料几乎都 不具备将目标基因锁定Nd,于l cM的DNA区域所要求的有效减数分裂量。累 积更多的有效减数分裂量和改进QTL作图的统计方法是保证复杂性状高精度高 解析率定位的必然要求。 本文以酵母的乙醇耐受性为试验模型，创造性地采用重复选择回交 (recurrent selection and backcross，RSB)策略，试图高精度高解析率地解析复杂 性状的多基因遗传结构。首先通过表型筛选和定向选择获得了极端表型的菌株， 其中高耐菌株的表型值为近17％，而敏感菌株的表型值则不大于l％；并且利用 双列杂交的试验策略估算了酵母乙醇耐受性的狭义遗传力为55％，了解了该性状 是以加性效应占主导的遗传模式。为了验证RSB的作图效率(mapping power)， 比较了与区间作图(interval mapping，IM)和复合区间作图(composite interval mapping，CIM)方法的QTL定位效果。其中通过IM只能大致确定主效基因的位 置，不能明确框定QTL区间；而CIM却能把QTL区高效地缩小到3 cM的临界 区问(critical interval)。然而，使用RSB策略，通过五个世代框定了三个QTL 区域，其中有一个区域与IM和CIM确定的区间相同。但是CIM作图定位的I临 界区间与RSB锁定的区间却偏差了约7．4 cM的距离。在RSB锁定的区域中，很 简单地就找到一个候选基因，名为ASGl。分别通过序列测定、单倍型分析、基 因剔除、以及等位基因替换进一步确证了ASGI为酵母乙醇耐受性的一个主效基 因。表达谱分析表明，表型变异并不是由ASGl的表达量差异引起的；并且序列 比对的结果发现，两个亲本的编码区有较大的编码差异，蛋白结构上的差异可能 是导致表型变异的主要原因。通过结构域预测，发现ASGl是一个典型的转录因 子。这也在一定程度上印证了国际上的一种共识，即复杂表型变异主要是由调节 变异引起的。 本文应用RSB方法精细地解析了酵母乙醇耐受性的复杂遗传变异，通过与 传统QTL定位方法的比较，RSB策略表现出高精度、高解析率和稳健的特点， 这给复杂性状精细定位的实验研究提供了新的思路和方法；并将酵母的试验模型 复旦大学博士学位论文 复旦大学博士学位论文 酵母数量性状主效基因的定位分离及克隆 引进数量遗传学研究，使得许多基本的关键性理论假设可以直接通过试验验证成 为可能；RSB方法在模式生物上的成功应用，必将为动植物育种及其重要经济 性状基因的定位克隆提供参考和依据。 关键词：复杂性状重复选择回交QTL定位酿酒酵母 乙醇耐受性 2 复旦大学博士学位论文 复旦大学博士学位论文 酵母数量性状主效基因的定位分离及克隆 Mapping，Identifying and Cloning Major Quantitative Trait Genes in Budding Yeast(Saccharomyces cerevisiae) (Abstract) Dissecting polygenic variation of complex traits at genie and transcriptional levels is one of the most challenging tasks in the era of functional genomics．The major obstacle has hindered progress in the path from mapping t0 identifying the genes that underl