基因调控网络的研究与控制-生物医学工程专业论文.docxVIP

主要符号对照表 主要符号对照表 主要符号对照表 P T 矩阵 P 的转置 P ?1 矩阵 P 的逆 I 维数适当的单位矩阵 λmin(P ) 矩阵 P 最小特征值 λmax(P ) 矩阵 P 最大特征值 Rn n 维 Euclidean 空间 Rn×m n × m 维实矩阵集合 P 0 矩阵 P 为正定对称矩阵 P ≥ 0 矩阵 P 为半正定对称矩阵 ∥·∥ 向量或矩阵的范数 L2[0, ∞) 平方可积空间 ? 对称矩阵中的对称项 E{·} 数学期望算子 Cov{·} 协方差算子 diag{. . .} 对角矩阵 {?, F ,P} 全概率空间，期中 ? 为样本空间， F 为 ? 子集的 σ 代数或称 “事件”， P 为 F 上的概率测度 LV (t) V (t) 的无穷小生成元算子 trace(A) 矩阵 A 的迹 sym(A) A + AT 0m,n m × n 零向量 A 定义为 VII 中国科学技术大学学位论文原创性声明 本人声明所呈交的学位论文, 是本人在导师指导下进行研究工作所取得的成 果。除已特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何他人已经发表或撰 写过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中作了 明确的说明。 作者签名： 签字日期： 中国科学技术大学学位论文授权使用声明 作为申请学位的条件之一，学位论文著作权拥有者授权中国科学技术大学 拥有学位论文的部分使用权，即：学校有权按有关规定向国家有关部门或机构 送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文编入 《中国学位论文全文数据库》等有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫 描等复制手段保存、汇编学位论文。本人提交的电子文档的内容和纸质论文的 内容相一致。 保密的学位论文在解密后也遵守此规定。 □ 公开 □ 保密 年 作者签名： 导师签名： 签字日期： 签字日期： 第一章绪论 第一章 绪论 第一章绪论 第一章 绪论 PAGE PAGE 1 PAGE PAGE 2 第 1 章 绪论 1.1 生物学中的控制问题 无论在硬件上还是在软件上，我们都对工程师和科学家在工程计算上的贡 献引以为豪，然而对那些发生在生物世界的现象，这一切就显得黯然失色。九 十年代末，实验方法上的进展使得我们以空前的速度和可以承受的成本获得原 始生物数据。Genebank 的 DNA 序列信息和蛋白质序列信息数据库每六到九个 月就翻一番，然而有关计算机速度翻一番的 Moore 定律中的十八个月确实有些 缓慢。因此，寻找一种将这些洪水般的原始数据转化成有益的信息的方法就显 得十分必要，这些信息能够使我们对生物有一个更深入的理解。人们通常说数 据不是信息，信息不是知识，知识不是智慧。 新的遗传，转录和蛋白质数据加上操控和测量生物变量的工具和技术上的 进步使得我们能够在整体上研究生物的复杂性。相比孤立的研究一部分，我们 可以提出这样的问题：这些相互关联的部分是如何作用来形成观察到的功能和 整体特性。这就是系统生物学的一个目标。那么什么是系统生物学呢？系统生 物学就是定量的分析由动态相互关联的生物组成部分构成的网络，目标就是将 这些网络反向工程化以理解他们是如何稳健的达到生物功能。 使这些生物网络显示出如此复杂的特征的正是调控。在生物调控中的最核 心的机制就是反馈。事实上，反馈在生物系统中十分普遍，它能够在所有层次 的组织中被发现，无论是分子水平还是细胞水平，无论是组织水平还是生态水 平。反馈在生命的维持和进化上极为重要。举个例子，动物要想生存必须使体 内环境的 pH 值，营养物浓度，扩散的气体浓度保持在常值，尽管外部环境与期 望的内部状态相差很大。基本的反馈－调节能力就能使动物保持一个稳定的内 环境或者动态平衡，使他们能够维系生命并在进化中适应新的环境。 用微分方程来对生物系统建模的想法几十年前被提出来。事实上一个最被 广泛引用的模型是 Alan Turing 在 1952 年提出的反应－扩散模型。其他这些年 提出的模型主要是描述当受到其他分子的影响，细胞内外生化物质的浓度是如 何随时间变化的。 设计这样的模型要求实验数据和对系统的组成部分是如何组成的初始假设。 早期的模型受限制于少量的实验数据：当这些模型能够证实假设的可行性，但 是不能提供早已被发现的生物功能的任何信息。当前，随着分子生物学，基因 操纵和完整的基因组序列的进展，新的模型被提出来。这些模型包含了生化反 应的详细的动态特性并成功的在分子水平与组织水平之间架起了一座桥梁。 为什么控制的观点适合应用到系统生物中呢？调控在生物中非常普遍，通 过理解许多调控机制的动态特性，正如得到的数学模型所描述的，人们能够给 出完整的解释并做出预测。这也是数学反馈控制方法能够起到很大作