桑树扦插生根的转录组分析及MaSAUR2和MaHO-1基因的表达分析-特种经济动物饲养专业论文.docx

万方数据 万方数据 A Thesis Submitted in Fulfillment of the Requirements for the Degree of Master of Agriculture Transcriptome analysis of rooting in mulberry cutting and expression analysis the genes MaGH3.6 and MaHO-1 in mulberry Submitted by Li Xiao-yu Supervised by Cheng Jia-ling Jiangsu University of Science and Technology June, 2014 江苏科技大学学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下， 独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本 论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本 文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。 本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。 学位论文作者签名： 年 月 日 江苏科技大学学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定， 同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版， 允许论文被查阅和借阅。本人授权江苏科技大学可以将本学位论文的 全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫 描等复制手段保存和汇编本学位论文。 本学位论文属于： (1)保密□，在 年解密后适用本授权书。 (2)不保密□。 学位论文作者签名： 指导教师签名： 年 月 日 年 月 日 摘要 摘 要 本试验应用 Solexa 测序技术对桑树两种扦插方式生根发育过程插穗基部皮 层进行转录组测序及生物信息学分析，并对在扦插生根过程中显著差异表达的 基因 MaSAUR2 与 MaHO-1 进行了基因克隆、序列特征分析以及表达特征分析。 主要实验结果与结论如下： 1、根据插穗发育情况，采用夏秋季绿枝与秋末冬初绿枝扦插生根过程基部 皮层材料构建了 7 个转录组数据库：其中夏秋季绿枝扦插生根过程 3 个，分别 为 W1（对照未处理）、W2（基部膨大期）、W3（不定根长出皮层期）；秋末冬 初绿枝扦插生根过程 4 个，分别为 Q1（对照未处理）、Q2（基部膨大期）、Q3 （发育停滞期）、Q4（不定根长出皮层期）。经过预处理，7 个转录组数据库获 得的高质量 reads 条数为 52,756,096~88,216,727 条。对其进行蛋白功能注释， 结果 7 个 转 录组 数据 库注 释 上的 序列 数 分别 为 23837~39504 ，注 释率 为 35.81%~57.20%。根据 contigs 与蛋白功能注释的对应关系，将桑树两种绿枝扦 插生根发育过程中对应发育时期转录组数据库进行交叉分析，其中将数据库 W1 与 Q1、W2 与 Q2、W2 与 Q3、W3 与 Q4 进行分析，获得两两共同拥有的 基因，并分别将其命名为 A、B、C、D 数据库。结果得到数据库 A 中有 14191 个 UniProt 注释；B 中有 14142 个 UniProt 注释；C 中有 13760 个 UniProt 注释； D 中有 12355 个 UniProt 注释。数据库 A 与 B 差异基因筛选得到 77 个差异基 因，B 与 C 筛选得到 1752 个差异基因，C 与 D 筛选得到 1991 个差异基因，并 对差异基因进行 GO 与 KEGG 功能富集聚类。根据功能富集结果，对各个发育 阶段的差异基因进行详细分析，得出差异基因富集最多的通路主要为能量代谢、 糖代谢、激素信号转导、细胞周期、生物的降解与合成等。 2、本试验从桑树茎部皮层中克隆得到一条 SAUR（Small auxin- up RNA） 基因的 cDNA 序列，将其命名为 MaSAUR2（GenBank 登录号：KC852881）。 序列分析显示该基因编码 182 个氨基酸残基，所编码蛋白的分子质量约为 20.7kDa，理论等电点 pI 约为 9.39，有 1 个 SAUR-specific domain（SSD）。荧 光实时定量 PCR 检测发现根是 MaSAUR2 基因转录最活跃的组织，在茎和叶中 表达量也相对较高，在芽中表达量相对较少，在熟果中没有表达。应用 IAA 溶 液处理桑树插穗，结果显示插穗茎部皮层中的 MaSAUR2 基因在 5min 内表达量 迅速增加。在桑树插穗不定根形成过程中，该基因在基部膨大期呈一个较低的 表达水平，而在不定根长出皮层期表达水平显著升高，推测 MaSAUR2 在桑树