三RNA序列数据库-生命奥秘.PDFVIP

三 RNA序列数据库 miR2Disease数据库简介 miR2 Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息，旨在 为全世界的科研工作者提供一个全面的与疾病相关的microRNA数据资源平台。 miR2Disease数据库是免费使用的，用户可以登陆网页www.miR2D 了解更多信息。 1 数据搜集以及数据库内容 m i R2 D is e a s e 数据库中的记录主要提供的是m ic ro R NA 失调与人类疾病的关系。他们使用诸如 “microRNA disease ”、 “miRNA disease ”、 “microRNA cancer”、 “miRNA cancer”等关键词搜索 了PubMed数据库。最新版的miR2Disease数据库是在工作人员浏览了600多篇文献的基础上总结出来的，共 收录有299个人类microRNA信息、94种人类疾病信息以及1939条microRNA与疾病之间的关联信息。 在miR2Disease数据库中他们使用的是由专业的医学词汇 （即UMLS系统，参见http://diseaseontology. / ）来命名的疾病名称，这样便于用户搜索和分析资料。数据库中的每一条记录都包含详细的 microRNA与疾病之间的关联信息、microRNA ID号、相关疾病名称、患病时microRNA表达模式 （上调还是 下调）介绍、microRNA表达模式相关试验技术介绍 （芯片、northern blot 、qRT-PCR等）、microRNA靶基 因介绍 （这些基因都是参阅相关文献或者直接从TarBase数据库中查阅而来）。 miR2Disease数据库使用的界面非常人性化，用户可以很方便地使用microRNA ID号、相关疾病名称或 者靶基因名称进行查询操作，而且还提供了许多外部microRNA数据库的链接，例如microRNA序列及注释信 息数据库miRBase 、经过试验验证的microRNA靶基因数据库TarBase ，以及microRNA功能计算机预测数据 库TargetScan、miRanda和PicTar。 此外，miR2Disease数据库还提供与NCBI PubMed 中参考文献之间的超链接及该文献在PubMed 中的ID 号和完整的引文介绍。在最新版本的miR2Disease数据库中，有1/7 的记录是有关microRNA 失调导致人类疾 病相关信息的。 2 用户界面介绍 2 .1 搜索页面 m i R2 Dis e as e 数据库可以通过搜索引擎在库中查询m ic ro RNA —— 疾病相关信息，用户可以通过 microRNA ID号、相关疾病名称或者靶基因名称进行查询。 miR2Disease数据库还提供一种模糊查找功能，用户即使不知道疾病的确切名称，也可以借助该功能通 过医学疾病参考词汇进行查询。 用户输入一个查询关键词之后，系统就会在数据库中搜索出所有包含该关键词的记录，这些记录会以 “疾病树 （disease t ree ）”的形式展现出来，其中既包含了疾病本身，也包含其 “祖先节点 （ancestor node ）”和所有的亚类。在 “疾病树 （disease tree ）”中包含查询关键词的部分会以高亮粗体的方式显示 出来，每一个包含有microRNA——疾病相关信息的部分也会给出超链接，用户通过这些超链接就可以很轻松 2121 生生命命奥奥秘秘 wwwwww..lliiffeeoommiiccss..ccoomm 地获得与该疾病相关的所有microRNA 的信息。在搜索结果页面，点击每一条记录末尾处的 ‘more . . .’按 钮可以了解到更多相关的信息 （图1）。 与使用疾病名称进行搜索差不多，使用microRNA名称进行搜索也有可能出现混淆与混乱，因为大部分 的原始文献都不会给出某一个microRNA家族中每一个具体microRNA 的详细信息及名称。例如在很多文献中 提到的 “let-7 ”是与腺瘤相关的，但还有一些文献中则报道说在乳腺癌患者体内let-7a-3 的表达水平会降低。 因此，通过模糊查询功能，用户哪怕在不清楚microRNA准确名称的情况下也能在miR2Diesease数据库中查 询到相关信息。 有时使用一个microRNA名称可以查到好几个ID号，用户可以根据