稳定同位素代谢标记与总体蛋白质动力学的数据处理平台.pdf

稳定同位素代谢标记与 总体蛋白质动力学的数据处理平台 关慎恒(Shenheng Guan) 加州大学旧金山分校 药化系质谱中心 神经退化性疾病研究所 首届中国计算蛋白质组学研讨会 Dynamic Proteomics Study Protein Turnover (蛋白周转) on A Proteomic Scale 合成 养料 蛋白 游离氨基酸 降解 废物 多数神经退化性疾病与蛋白周转紧密相关 •Alzheimers disease: accumulation of tau in brain •Parkinson’s disease: accumulation of alpha-synuclein •Huntington’s disease: dysfunction of proteasome pathway •Prion disease: accumulation of misfolded prion 2 研究蛋白周转的工具 •放射性同位素标记 整体或器官蛋白周转 不宜实现每个蛋白的周转 •稳定同位素标记 解离蛋白成游离氨基酸 GCMS测同位素丰度 3 Beynon的动态细胞培养稳定同位素标记技术 Dynamic SILAC 细胞培养液切换 4 JProteomeRes2009v8p104 Dynamic Proteomics 小鼠食品 SILAC Mouse 加入Heavy-Lys 5 Cell2008v134p353 Synthesis/Degradation Ratio Mass Spectrometry 13C 标记 6 AnalChem2004v76p86 Chait:氮-15同位素代谢标记及蛋白定量 不像一般的SILAC 氮-15同位素代谢标记所有的氨基酸 7 PNAS1999v96p6591 Yates:哺乳动物总体蛋白质