蛋白质的序列分析及结构预测精品课件.pptVIP

服务器运行程序信息 ProSite模体搜索结果 低复杂区域过滤程序 ProDom结构域搜索结果 二硫键识别结果 PHD程序信息 PHD预测结果 PROF预测结果 球状蛋白预测结果 Ambivalent 序列识别结果 PredictProtein 分析结果 PredictProtein 分析结果 跨膜区 非跨膜区 Loop Helix Sheet (2) 蛋白质三维结构预测 方法 特点 工具 同源建模法 ( Homology/ Comparative modelling ) 基于序列同源比对，对于序列相似度30％的序列模拟比较有效，最常用的方法 SWISS-MODEL， CPHmodels 串线法/折叠识别法 (Threading/Fold recognition) “穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大 THREADER，3D-PSSM 从头预测法 ( Ab initio/De novo methods ) 基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测 HMMSTR/ ROSSETA 方法一：同源模建 comparative modeling 1.同源模建的基础 蛋白质的三级结构比一级结构更保守。研究表明 如果两个蛋白质的同源性达到50%，二者90%的Ca的RMS 小于1埃。 2.原理