【培训课件-临床基因组学】_第七章-Sanger测序及高通量测序技术-第3讲-广州医学大学.pptVIP

微小突变 拷贝数变异 复杂变异 苯丙酮尿症 甲基丙二酸血症 肝豆状核变性 RETT综合征 脆性Ｘ综合征 遗传共济失调 亨廷顿病 FSHD OPMD PWS综合征 Angelman 地贫 Down syndrome 遗传病的基因突变 基因机构简图 基因变异类型与命名 /mutnomen/recs-prot.html 替代变异（substitutions） 外显子区：c.203TC 内含子区：c.89-1GT 缺失变异（deletion） c.450delT c.25_27delTCA 重复突变（duplications） c.7_8dupAT 插入突变（insertions） c.112_117indelsTG DNA水平命名 蛋白质水平 错义突变 p.Trp26Cys 同义变异 c.162CG（p.=） 起始密码子(Met1)变异： P.Met1？ 缺失变异（deletions） p.Gln8del p.Gly4_Gln6del 重复突变（duplications） p.Gln8dup p.Gly4_Gln6dup 无义突变 P.Trp26X 插入变异（insertions） p.Lys2_Leu3insGlnSer 插入/缺失变异（indels） p.Cys28_Lys29indelsTrp 框移变异（frame shifts） p.Arg97fs 插入变异（insertions） p.Gly4_Gln6dup Polyphen蛋白预测 结果分析 剪接预测相关网站及使用 网站 /SplicingAnalyser.html http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 在CBS网站，正常序列结果如下： Donor：350 confidence：0.76 说明剪接位点在350处,序列为atcag^gtaggac 基因变异临床解释指南： 美国遗传学与基因组学学会指南 基因突变/变异 Pathogenic（致病的） Likely pathogenic （可疑致病的） Uncertain significance (VUS)（意义未明的） Likely benign（可能良性的） Benign（良性的） 描述致病性的变异用“突变”，良性的或者不清楚的用“变异” 良性 / 非致病性 强力证据 支持性证据 支持性证据 中等强度证据 强证据 极强证据 群体研究 数据 MAF is too high for disorder BA1/BS1 OR observation in controls inconsistent with disease penetrance BS2 Absent in population databases PM2 Prevalence in affecteds statistically increased over controls PS4 计算机 预测 Multiple lines of computational evidence suggest no impact on gene/gene product BP4Missense in gene where only truncating cause disease BP1Silent variant with non-predicted splice impact BP7In-frame indels in repeat w/out known function BP3 Multiple lines of Computational evidence support a deleterious effect on the gene /gene product PP3 Novel missense change at an amino acid residue where a different pathogenic missense change has been seen before PM5Protein length changing variant PM4 Same amino acid change as an established pathogenic variant PS1 Predicted null variant in a gene where LOF is a known mechanism of disease PVS1 功能