牛体内、外囊胚全转录组测序及分析.pdfVIP

摘 要 体外胚胎生产技术以一种高效简单的辅助生殖技术获得广泛应用。体外受精技术是体外胚胎 生产技术的重要组成部分。对动物养殖中的优良畜种的培育有重要的实践意义。同样玻璃化冷冻 技术相比于其他冷冻保存方法具有花费较短的时间、简单易操作、产生较高的效率等优点，从而 成为备受关注的技术。但体外生产胚胎与体内生产胚胎相比在卵裂率，妊娠率，产犊率等方面仍 存在不足，这些可能与转录组异常相关(包括mRNA 、lncRNA 、circRNA) 。本研究采用单细胞全 转录组测序技术对牛体内生产的囊胚、新鲜牛卵母细胞体外培养受精的囊胚、玻璃化冷冻牛卵母 细胞体外培养受精的囊胚进行全转录组分析(包括mRNA 、lncRNA 、circRNA) ，同时由获得的数 据进行差异表达mRNA,lncRNA,circRNA 的生物信息学分析并进行初步探索，本试验主要研究结 果如下： 1、对牛体内、外囊胚进行全转录组测序对其mRNA 模式进行探讨及生物学信息分析，与In vivo 组和IVF 组中差异表达基因有78 个，其中60 个上调，18 个下调；In vivo 组和V_IVF 组中 差异表达基因表达362，其中305 个上调，57 个下调；IVF 组和V_IVF 组中差异表达基因 14， 其中13 个上调，1 个下调。对其差异表达基因进行GO 注释发现，体内、外囊胚的差异表达基因 的GO 注释结果中，富集在rRNA 加工、有机氮化合物代谢过程、有机氮化合物的生物合成过程 等条目中，通过 KEGG 功能富集分析发现，在糖酵解/糖异生等通路中差异表达基因显著富集， 在此通路上29 个基因显著上调。 2 、对牛体内、外囊胚进行全转录组测序对其 lncRNA 模式进行探讨及生物学信息分析，与 In vivo 组相比，在IVF 组中差异表达lncRNA 有187 个，其中表达上调数量有124，下调为63； 与In vivo 组相比，在V_IVF 组中差异表达lncRNA 为694，表达上调的数量为223 ，下调的为471 ； 与IVF 组相比，在V_IVF 组中差异表达lncRNA 为114 ，表达上调有27 个，下调有87，对其差 异表达基因进行GO 注释发现，较多的基因富集到细胞生长发育、细胞骨架、ATP 结合等条目中， 通过KEGG 功能富集分析发现，较多的基因在溶酶体、RNA 转运以及氧化磷酸化通路，氧化磷 酸化通路对早期胚胎发育和成功的妊娠结局至关重要。 3、对牛体内、外囊胚进行全转录组测序对其 circRNA 模式进行探讨及生物学信息分析，获 得994 个circleRNA，这些circleRNA 有 437 个靶向基因。IVF_Invivo 组间表达差异的circleRNA 的数量28 ，其中表达有2 个表达上升，26 个表达下降；V_IVF_Invivo 组间表达差异的circleRNA 的数量51，其中表达有2 个表达上升，49 个表达下降；；V_IVF_IVF 组组间表达差异的circleRNA 的数量1，对其差异甲基化基因进行GO 注释发现，较多的基因富集到染色体组织的正调控、组 蛋白H3-K9 甲基化的调控等通路上。 关键词：全转录组，体内，体外，囊胚，玻璃化冷冻 I Abstract In vitro embryo production technology has been widely used as an efficient and simple assisted reproductive technology. The production of embryos in vitro is regarded as the third revolution in livestock breeding. In vitro fertilization technology is an important part of in vitro embryo production technology. It is of great significance to improve the breeding efficiency of livestock and poultry and