5.6三级结构的比对-02-SPDBV选择叠合.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 三级结构的比对：SPDBV 选择叠合 SPDBV 是一款拥有强大结构分析功能的绿色软件，无需安装，下载后直接运行即可 （图 1）。SDPBV 有分子查看器的功能，也是一个蛋白质 同源建模 平台，同时它还能为两个结构进行整体智能叠合，或者进行选择性叠合。课程附件中的 C.pdb 和 D.pdb 这两个蛋白除了一个 loop 区域结构不同之外，其他区域的结构都是完全相同的。 如果我们想要把相同的结构分毫不差的叠合起来，以看清楚不同区域的差别的话，就需要用 到选择性叠合。 图 1. SPDBV 主界面 双击图标打开 SPDBV 读取蛋白： - 点主窗口 File → Open PDB File → 选择 C.pdb → 打开 - 关闭弹出的 log 窗口 → 显示蛋白 C 的结构 - 点 File → Open PDB File → 选择 D.pdb → 打开 - 弹出的 log 窗口关闭 → 显示蛋白 D 的结构 用不同的颜色显示不同的蛋白： - 点主窗口 Color → 选 Layer → 不同 Layer 颜色不同（一个蛋白一个 Layer） 尝试智能叠合： - 点主窗口 Fit → 选 Magic Fit → 弹出 Fit 窗口 - 选择 All atoms（所有原子参与叠合） - 第一个下拉菜单 Reference (fixed) 选择 C（C 蛋白保持不动） - 第二个下拉菜单选择 D（D 蛋白移动到 C 的位置）。 - 点 ok 两个蛋白叠合在一起了，但是 Magic Fit 考虑的是整体结构，所以 CD 两个蛋白中完全 相同的结构部分并没有被严丝合缝的重合在一起（图 3.1）。 尝试选择性叠合： 首先需要选中参与叠合的氨基酸，也就是结构完全相同的这部分氨基酸（图 2）。结构 不同的这块不参与叠合的过程，但是会随着叠合同步移动。 图 2. 蛋白 C 和蛋白 D 结构相同和不同的位置 - 点主窗口 Wind → 选择 Control Panel → 打开 Control Panel 窗口 - Control Panel 里点蛋白 C 的分子链名称 C → 选中所有氨基酸 → 呈现红色 - 按住 Ctrl 键，用鼠标左键从 258 号氨基酸划到 281 号氨基酸 → 取消选中 - Control Panel 里点蛋白 D 的分子链名称 D → 选中所有氨基酸 → 呈现红色 - 按住 Ctrl 键，用鼠标左键从 258 号氨基酸划到 281 号氨基酸 → 取消选中 - 点主窗口 Fit → 选择 Fit Molecules（from selection）→ 弹出 Fit 窗口 - 选择 All atoms（所有原子参与叠合） - 第一个下拉菜单 Reference (fixed) 选择 C（C 蛋白保持不动） - 第二个下拉菜单选择 D（D 蛋白移动到 C 的位置）。 - 点 ok 通过选择性叠合，蛋白 C 和蛋白 D 结构相同的部分就被严丝合缝的重合在一起了（图 3.2）。两个 loop 之间的位差也更加准确的显示出来了。