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PAGE2 ∏ NUMPAGES2 名词解释（红色考过） 1.生物信息学：生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。/生物信息学（bioinformatics）：是一门结合生物技术和信息技术从而揭示生物学中新原理的科学。 3.同一性：P42是指两序列在同一位点核苷酸或氨基酸残基完全相同的序列比例。 4.相似性：P42是指两序列间直接的数量关系，如部分相同、相似的百分比或其他一些合适的度量。 5.同源性：是指从某个祖先经趋异进化而形成的不同序列，也就是从一些数据中推断出的两个基因在进化上具有共同祖先的结论，它是质的判断。 6.序列比对（alignment）：将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较他们的保守性），这样 评估序列间的相似性和同源性。 7.多序列比对（multiple sequence alignment）：三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位置的残基和（或）祖传的残基，则会在该位置插入空位。 8.算法（algorithm）：在计算机程序中包含的一种固定过程。 9.空位（gap）：在两条序列比对过程中需要在检测序列或目标序列中引入空位，以表示插入或删除。 10.直系同源（Orthologous）指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖先序列独立进化而成的，可能有相似功能，也可能没有。 11.旁系同源（paralogous）是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。 12.模块替换矩阵（BLUSUM）在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的，每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。（教材P46） 13.可接受点突变（PAM）一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。（教材P45） 14.BLAST：基本局部相似性比对搜索工具。在序列数据库中快速查找与给定的序列具有最优局部对准结果的序列的一种序列对算法。 15.FASTA：是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过扫描序列中“词”的小配对，从而寻找最优局部比对。 16.替换（substitution）在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相似的物化性质，那么替换是保守的。 17.注释（annotation）对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。 18.基因预测（gene prediction）用计算机程序对可能的基因所做的预测，它是基于DNA片段与已知基因序列的匹配程度的。 19.开放阅读框（ORF）位于DNA或RNA上起始密码子与终止密码子之间的序列。 20.分子钟（molecular clock）对于每一个给定基因（或蛋白质）其分子进化率大致是恒定的。 21.系统发生（phylogeny）是指生物种族的进化历史，亦即生物体在整个进化谱 22.分子进化树（molecular evolutionary tree）在研究 \o 生物 生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树(phylogenetic tree)。 23.分子进化：P227主要是指在生物进化过程中，构成生物体大分子物质，如蛋白质、核酸的演变过程。 24.进化树：P229、P230通过比较各种（类）生物之间的亲缘关系而用树状分支的图形来进行描述，称为系统发育树（进化发育树）；通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统数成为分子系统树（分子进化树）。 25.鸟枪法测序：（shotgun method）一种测序方法，包括从基因组中获得随机的、已测序的克隆片段，并且对初始基因的位置一无所知。 26.整体联配（global alignment）：对两个核苷酸或蛋白质序列的全长所进行的比对。 27.最佳联配（optimal alignment）：两个序列之间有最高打分值的排列。 28.互补序列（complementary sequence）能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与C配对）形成两练结构的核苷酸序列。 29.保守序列（conserved sequence）指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。 30.邻接片段（contig）与支架（scaffold） 31.邻接片段：一组在染色体上有重叠区域的DNA片段的克隆； 32.支架：由序列重叠群拼接而成。 33.表达序列标签（EST）一种短的DNA片段，是cDNA分子的一部分，可用来鉴定基因，通常用于基因定位和基因图谱