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人类基因组转录因子的环境对基因长度和 表达的影响 作者 Daudi Jjingo Ahsan Huda Madhumati Gun dap uneni Leonardo marino-Ramire I.King Jordan 作者机构 佐治亚理工学院 国立生物技术信息中心，国家医学图书馆，卫生部 生物信息学研究所 摘要 独立调查已经证明转座因和基因长度对基因表达的影响。 转座因子的基因片段和 基因长度有关，这表明他们不是独立的。我们综合评估，转座因子的基因片段和 基因长度分别与基因表达的整体水平和整个组织中的表达广度有关。 我们的研究 结果证实通过基因表达，并指向不同的机制，不同的转座因子的家庭有可能有助 于调控基因的转座因子环境的整体相关性。 关键词 基因表达 基因调控 选择假说 基因组设计假说 中红外 简介 对于基因分析者来说基因结构和基因表达的关系仍然是一个持续的基因组分析 关注的课题。在一个开放性的研究中，卡斯蒂落，戴维斯等人指出对于人类和蠕 虫的基因内含子长度与基因表达呈正相关。换句话说较短的基因被发现在较高水 平的表达上，较长的基因在基因表达水平较低的， 为了解释这一问题作者指定了 “选择假说”，该假说断定，高表达的基因更短，由于在尽量减少能源和时间花 费在转录上。 2004年维诺格拉芙也指出紧凑的基因高度表现，但他提出了这样不同的解释， 高表达的基因长度越短越好，这些基因往往是在众多组织中广泛表达，从而有更 简单的调节，而需要较少的调控序列元素解释， 换句话说，广泛表达的基因基于 调控元素的相对贫乏而导致的他们平均长度的缩短。假设基因组设计的概念，即 建立在基因长度之间的表达水平明显反映了基因之间的关系和表达的长度。 选择 假说和基因组设计独特的假设作出了关于基因长度和基因表达之间的关系的预 测。在上述的研究中，有一个调查与基因结构和基因表达的关系， 从不同的角度 进行研究。在真核生物的基因组中特别是哺乳动物的基因组， 大量的转座因子的 出现影响到基因结构的衍生序列。转座因子的衍生序列在哺乳动物中很非丰富， 至少百分之四十五的人类基因组序列是被注册的，此外，非随机序列的转座因子 分布在基因组中。在人类基因组中，正玄元素富集在基因资源富集的地方， 而第 一元素在资源匮乏的地方。最后个人的基因可以极大变化。 在过去的几年里，一系列的研究使人们注意到基因和周围环境与转座因子的水平 和基因表达的广度的关系。2003年人类基因组数据被运用，人类转录图谱被建 立，这张图确定高表达的基因同位基因簇与基因元素的关系 ，这些基因簇是密 集的，具有较高的基因元素含量，尤其是铝元素含量丰富，并有低线密度，后来 发现大多数人的基因表达的L1元素消耗殆尽，表现出一种机制，可以部分解释 这种模式，他们指出母体元素可以在破坏转录延伸的基础上依赖于强大的多聚腺 苷酸而存在。 后由转座因子的表达水平和表达的广度测量出表达高峰。 除了表达水平和表达深 度，对哺乳动物转座因子的环境也有可能涉及到癌组织中的表达和基因表达的进 化分歧。截止到目前为止，还没有一个人试图考虑这两方面的的共同调查（ 1） 基因长度和表达之间的关系（2）转座因子的环境和基因表达的关系 在这项研究中，我们试图理清基因长度的影响和基因表达的转录环境并评估表达 的各自影响，那样我们就能更彻底的评估基因与基因组结构和设计假设选择的连 接。 材料和方法。 确定基因位点 将我们定义的特殊基因参考人类基因序列找出不同的基因位点。 确定基因和基因间的的转录因子分数 为了确定人类基因的分数是由转录因子决定序列的， 故将人类转录因子分配到六 大主要转录因子家族中。在脱氧核苷酸基因组中使用了基因的同位因子，对于每 个转录因子的类型看作是碱基被基因的转录因子占领。 从而计算出和基因间的转 录因子分数。 基因表达数据 为了测量基因在不同组织中的表达，我们用从诺华研究所基因组研究会所获得的 微阵列基因表达在人体组织中进行基因表达探针检测， 探针检测到多个被丢弃的 基因，这样是表达数据最终得到一个最终数据。 测量基因长度的参数和基因表达 在芯片上表达的数据被用来计算三种测量基因表达： 表达高峰，表达深度，和组 织特异性的广度要获得表达高峰，用高效表达的基因与转换了的基因进行转变， 以适应表达的咼峰水平。 基因长度的相对效果和转录因子的基因表达进行了评价， 其中基因长度和转录分 数是独立的变量，他与参数的基因表达高峰。对于这些分析参数值依次排列。对 所有数据进行处理，并使用相同的排名程序，使自变量的相对影响比较好评估。 基因聚类表达 但对于回归分析独立的和非独立的变量关系比较密切。偏相关分析是用于控制相 关性对自变量的影响，多元回归分析来决定所有的转录子分数和偏相关值的测定 方法 人类基因和周围的转录因子分数