chapter-5多重序列比对.pptVIP

2021/3/14 * 2. Improved progressive: (1)基于k-mer得到的树可能会产生次优结果,因此,采用Kimura距离的方法对k-mer产生的树重新计算距离矩阵 (2)重新用UPGMA构建进化树 (3)使用渐进算法进行多序列比对 2021/3/14 * 2. Refinement: (1)随机从进化树上挑出一条边,删除 (2)得到两组树,对每组树,计算profile (3)将两组profile进行比对 (4)如果最终得分提高,保留结果,否则丢弃 2021/3/14 * MUSCLE的算法流程 2021/3/14 * MUSCLE: 使用指南 2021/3/14 * MUSCLE:使用说明 2021/3/14 * 3 在线版MAP2的使用 在许多情况下多序列比对需要揭示被多个非保守区间隔的多个保守区,对此MAP2是个有效工具。下面的截图介绍如何使用在线版的MAP2 。 2021/3/14 * 1.在线MAP2的网址以及两种输入数据提供方式。在本例中数据被贴入提供的窗口,数据与ClustalX2.0中相同,是23个动物中的miR-19。 2021/3/14 * 2.主要的参数及其缺省值。DNA block penalty（Linux版本的参数major_diff）影响非保守区块的大小,mismatch score、gap open penalty和gap extension penalty只影响保守区中的全局比对。 2021/3/14 * 3.MAP2以两种方式返回三个结果 —— 在线窗口显示和邮件寄回。本例使用在线窗口显示。 2021/3/14 * 4.结果output包含所有成对比对的结果和多序列比对的中间结果。 2021/3/14 * 5.缺省参数DNA block penalty=250只产生了一个保守区,即未能识别出hairpin结构中两个保守的stem。 2021/3/14 * 6.结果.info给出了所有成对比对的得分信息。 2021/3/14 * 7.参数可修改,在图示参数下重新进行了比对。 2021/3/14 * 8.这次比对产生了二个保守区,即hairpin结构中两个保守的stem。 2021/3/14 * 9.现在看一下相关的统计。 在DNA block penalty=250的情况有: The total number of similar regions: 1 The total alignment length of all similar regions: 72 The total length with consensus column identity bigger than 0.75 : 38 The portion of length with identity bigger than 0.75 : 0.53 （38/72=0.528） 在DNA block penalty=50的情况有: The total number of similar regions: 2 The total alignment length of all similar regions: 43 The total length with consensus column identity bigger than 0.75 : 29 The portion of length with identity bigger than 0.75 : 0.67 （29/43=0.674） 注意,尽管0.670.53不是衡量比对质量的唯一标准,但它确实是一个重要标准,它反映了保守区的质量。 2021/3/14 * 10.与ClustalX2.0相比,有几点需要注意: （1）在不同参数下运行了ClustalX多次,但产生的结果差别不大;而在不同参数下运行MAP2产生了显著不同的结果,这说明MAP2对影响非保守块大小的参数相当敏感。 （2） ClustalX给出了完整序列的比对结果,而MAP2只着重处理了保守块,基本忽略了非保守块。 （3）对于不太长的序列,ClustalX通常能给出满意的结果,但对于非常长的序列,可能需要使用MAP2。为了正确选择DNA block penalty,最好对序列的特性（特别是非保守区的大小）要有大致的了解;其次要使用不同参数进行多次比对,选取合理的结果。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * Bioinformatics, 2010-2011, Semester 1, HUST Bioinformatics, 2010-2011, Semester