基于网络药理学分析当归补血汤治疗糖尿病肾脏病的内在机制.docxVIP

基于网络药理学分析当归补血汤治疗糖尿病肾脏病的内在机制 随着人们生活水平的提高和生活饮食习惯的变化，糖尿病作为一种慢性非传染性的疾病，已经迅速地在全球蔓延开来。国际糖尿病联盟(International Diabetes Federation, IDF)发布的第九版全球糖尿病地图中显示，截至2019年，在20岁到79岁的人群中，共有约4.63亿糖尿病患者。其中中国糖尿病患者数排名第一，总人数约为1.164亿人国医大师吕仁和教授提出“肾络癥瘕”学说，认为糖尿病的病理基础是热伤气阴，进一步发展为气虚血瘀，瘀阻肾络，最终形成肾络癥瘕中药复方具有化学成分多样、调控机制复杂的特点，通过网络药理学技术，筛选出当归补血汤主要化学活性成分，探索其治疗DKD的相关靶点和通路，为后续开展当归补血汤治疗DKD的作用机制的实验工作提供了更丰富的信息和依据。1 资料与方法1.1 当归补血汤活性成分的收集和筛选。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP, http://lsp /tcmsp.php)1.2 当归补血汤作用靶点的获取和成分-靶点网络的构建。利用TCMSP平台获取筛选后的当归补血汤活性成分的作用靶点。利用UniProt 数据库( /)1.3 DKD相关靶点的获取和疾病-靶点网络的构建。采用GeneCards 数据库( / )1.4 成分靶点与疾病靶点共同靶点的获取。通过R软件中的Venn数据包将成分靶点与疾病靶点取交集得到共同靶点1.5 药物-活性成分-靶点-疾病的网络构建。运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病可视化网络图1.6 蛋白-蛋白相互作用网络（Protein-Protein interaction，PPI）。通过公用数据库STRING() 1.7 关键靶点的富集分析。通过R语言软件包ClusterProfiler进行富集分析2 结果2.1 筛选当归补血汤主要活性成分和靶点。检索TCMSP数据库获得当归补血汤共有212个成分，其中87个属于黄芪，125个属于当归，通过OB值和DL值的筛选，得到黄芪主要活性成分20个，主要活性成分2个。中药中某些成分具有较好的药性,但是因为其口服生物利用度低或类药性差，容易被筛选过滤掉。因此，在相关文献研究2.2 获取与筛选当归补血汤治疗DKD靶点。通过检索GeneCards数据库获取3 645个与DKD相关的靶点基因。在UniProt 数据库中通过基因名称-ID配对并去除重复后得到3 574 个基因名称。通过R软件中的Venn数据包将成分100个靶点基因与疾病3 574个靶点基因取交集，获得71个当归补血汤治疗DKD的作用靶点，见图1。2.3 构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。运用Cytoscape 3.7.1软件构建当归补血汤治疗DKD药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化图，经 Network Analyzer分析，筛选出主要当归补血汤主要成分18个，有12个化合物无对应靶点，靶基因71个。网络具有91个节点（71 个为靶点节点，18 个为成分节点，1个为疾病，1个为药物），248 条边（成分-靶点159条，药物-成分18条，疾病-靶点71条）。从药物的成分看，靶点数量最多的槲皮素（Quercetin）有62个，其次为山柰酚（Kaempferol）有25个潜在靶点，异鼠李素（Isorhamnetin）11个，7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇（7-O-methylisomucronulatol）8个，豆甾醇（Stigmasterol）9个，芒柄花素（Formononetin）7个等。从关键基因看，PTGS1基因受到15个活性成分的调控，NCOA2 13个，PPARG 11个，AR 9个，ESR1 8个，PGR 7个，见表1，当归补血汤可能通过作用于这些靶点从而达到治疗DKD的作用。见图2。2.4 构建蛋白-蛋白互作网络。通过STRING数据库 () 构建蛋白质互作网络，得到当归补血汤治疗DKD的靶标蛋白共661个，每一个靶标有对应的关联度，见图3。获取其中关联度最高的前30个蛋白，其中涉及糖尿病相关靶标蛋白有IL-6、CAPS3、EGFR、VEGF-A、MAPK8、MYC、RELA、HIF-A、NOS3、ICAM1、NF-KB1A、VCAM1等。以横坐标为关联度，纵坐标为靶蛋白，得到关键蛋白柱形图，见图4。2.5 关键靶点的富集分析。将当归补血汤治疗DKD的 71 个作用靶点基因导入 R软件，并引用Colorspace，Stringi，以及Bioconductor库中的DOSE，ClusterProfiler，Pathview语言包进行富