基于网络药理学和分子对接研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病的作用机制.docxVIP

基于网络药理学和分子对接研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病的作用机制 摘要：目的:采用网络药理学方法研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法:在TCMSP和Sym Map数据库中检索并筛选冬虫夏草活性成分,利用Target Net数据库和PharmMapper平台预测活性成分的靶点。借助Gene Cards和CTD数据库预测DN相关靶点,并和活性成分对应靶点取交集得到冬虫夏草治疗DN的潜在作用靶点,通过富集分析探索其作用机制。在String数据库中分析潜在作用靶点的蛋白相互作用(PPI),并借助Cytoscape构建可视化网络,进行网络拓扑分析筛选核心靶点。最后,对核心靶点与其对应成分进行分子对接验证。结果:筛选得到冬虫夏草活性成分17个,对应237个靶点,将其与232个DN相关靶点取交集得到32个潜在作用靶点。其中核心靶点为丝裂原激活蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和胱天蛋白酶3(CASP3),分子对接结果显示其与对应成分之间的结合活性较好。基因本体论(GO)富集得到39条生物过程(P0.01),主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对胰岛素刺激的反应等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集得到49条通路(P0.01),主要包括催乳素信号通路、叉头框转录因子O亚型(Fox O)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、胰岛素抵抗、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等。结论:冬虫夏草可能通过抗足细胞凋亡、降低胰岛素抵抗发挥治疗DN的作用,还需进一步实验验证。 糖尿病肾病(DN)是一种复杂且严重的糖尿病微血管并发症，在1型糖尿病(T1DM)和2型糖尿病(T2DM)患者中的占比分别约30%和40%冬虫夏草作为一种补肾益肺的传统中药，一直备受关注。近年来，通过体外发酵培养的冬虫夏草菌丝体制剂(如百令胶囊)也广泛应用于慢性肾功能不全的临床治疗中。研究表明，冬虫夏草对DN大鼠的足细胞有保护作用本研究利用网络药理学方法预测冬虫夏草活性成分发挥DN治疗作用的靶点与通路，并采用分子对接技术对其核心靶点及其相关活性成分进行对接，初步探讨冬虫夏草在DN治疗中的作用机制，以期为冬虫夏草治疗DN的药理研究和临床应用提供理论依据。1 资料与方法1.1 冬虫夏草活性成分筛选以“冬虫夏草”为关键词，在中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP (https:∥/tcmsp.php)与中医药证候关联数据库SymMap(https:∥/)上收集冬虫夏草成分信息，主要包括成分名称、口服生物利用度(OB)、类药性(DL)和PubChem CID。采用OB≥30%且DL≥0.18的标准1.2 冬虫夏草作用靶点与DN疾病靶点的筛选通过活性成分的PubChem CID在PubChem数据库(https:∥/)中检索获取Canonical SMILES式，PubChem CID信息缺失的活性成分则根据其结构在SwissTargetPrediction数据库(http:∥www.swisstargetprediction.ch/index.php)中获取SMILES式。根据SMILES式在TargetNet数据库(http:∥/)中预测活性成分的作用靶点，筛选条件为:接收者操作特征曲线下面积(AUC)≥0.7且概率(Prob)=1。另外，将活性成分的MOL2格式文件提交至PharmMapper平台(http:∥/pharmmapper/)进行靶点预测，参数设置中Select Targets Set选择Human Protein Targets Only，其余参数保持默认设置。每个活性成分在PharmMapper平台获得的结果根据Z-score降序排列，选择前50个靶点用于后续分析。以“diabetic nephropathy”为关键词，在GeneCards数据库(https:∥/)与CTD数据库(http:∥/)中检索并获取DN相关靶点。根据Relevance score≥50与Inference Score≥50分别对GeneCards和CTD数据库获得的靶点进行筛选。最后，利用Uni Prot数据库(https:∥/)将筛选得到的所有靶点蛋白注释成基因名，并剔除非人源的靶点。1.3 冬虫夏草治疗DN潜在作用靶点的筛选及网络构建在Venny 2.1在线平台(https:∥b.csic.es/tools/venny/)录入冬虫夏草活性成分与DN的靶点，绘制韦恩图，并获取两者的共同靶点，这些共同靶点即为冬虫夏草治疗DN的潜在作用靶点。将成分与疾病的靶点导入Cytoscape 3.8.0软件中，使用Merge功能，构建“药物-成分-疾病-