《生物软件开发》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 105 生物软件开发 一、课程简介 生物软件开发是生物技术专业必修课程，是一门重要的综合性课程。本课程将生物信息学问题和软件开发思想并重，使学生通过熟悉常用的生物学软件，了解软件算法开发的思想及工作原理，同时针对生物信息学特有的数据和问题，进行分析、设计及软件开发。本课程的先修课程为 JAVA语言程序设计、数据结构以及数据库原理与程序设计。通过本课程的学习，能够提高学生的学习、思考及动手能力，为以后学生的毕业设计、科研工作提供坚实的编程基础。 二、理论教学内容 Java概述 掌握内容：Java语言的基本数据类型、变量及表达式；Java程序控制语句；Java数组与字符串；Java控制台输入/输出。 了解内容：Java异常处理。 介绍几款分子生物学软件 了解内容：几个常见的生物信息学软件的介绍，软件的算法及设计思想。 简单生物学数据处理 掌握内容：利用 Java 进行文件读写，简单生物学数据的下载，利用文件读写实现生物学数据的简单处理。 了解内容：文件读写的异常问题，数据的生物学意义。 复杂生物学数据处理 掌握内容：对象集合（List，Set，Map），不同对象集合的特点，复杂生物学数据的下载，利用对象集合处理复杂生物学数据。 了解内容：生物学意义以及数据的标准化，对象集合的异常问题处理。 生物学软件开发 掌握内容：生物学软件的设计思想，软件分析、设计及编码。了解内容：软件的测试与部署。 三、实验教学内容 Java基础知识回顾 基本内容：利用Java基础知识编程解决百鸡百钱、雉兔同笼等经典问题。 基本要求：掌握Java基本数据类型，选择语句与循环语句，掌握控制台数据的输入、输出。 简单生物学数据的处理 基本内容：利用文件读写处理人类gene数据的信息提取。 基本要求：从NCBI网站下载生物学数据，利用Java进行文件读写，并进行简单的数据信息提取。 复杂生物学数据的处理 基本内容：人类蛋白质相互作用网络数据的处理；人类疾病数据的信息提取，药物数据的下载、处理以及整合。 基本要求：下载生物学数据，利用对象集合进行复杂数据的信息提取，根据二部网构建子网。 生物学软件的开发 基本内容：开发一款生物学软件，根据实际问题进行软件的需求分析、设计以及编程实现。基本要求：掌握生物学软件开发的设计思想，并进行需求分析、设计，最后编码实现软件。 四、参考资料 1.网络资源 NCBI-ftp：///gene/DATA/ 序号教学内容参考学时总学时理论学时实验学时1Java 概述8442介绍几款分子生物学软件2203简单生物学数据处理8444复杂生物学数据处理14685生物学软件开发 序号 教学内容 参考学时 总学时 理论学时 实验学时 1 Java 概述 8 4 4 2 介绍几款分子生物学软件 2 2 0 3 简单生物学数据处理 8 4 4 4 复杂生物学数据处理 14 6 8 5 生物学软件开发 22 10 12 合计 54 26 28