分子生物学检验：第7章 生物信息学.pptVIP

氨基酸物理化学性质间的关系 氨基酸序列的替代记分矩阵 PAM250替代记分矩阵 序列比对的基本算法 BLAST AATTGATTGCGCATTTAAAGGG AACTGACGCATTTAAAGGG AACTGA------CGCATTTAAAGGG 寻找序列的最佳联配 动态规划算法 局部（Smith-Waterman） 全局（Needleman-Wunsch） Basic Local Alignment Search Tool (基本局部相似性对比搜索工具) 匹配：+1； 不匹配：-0.3； 插入空位：-1.3; smith-Waterman算法的快速、启发式版本：BLAST Basic Local Alignment Search Tool (基本局部相似性对比搜索工具) 程序 数据库 查询 搜索方法 nucleotide blast 核苷酸 核苷酸 将待查询的核酸序列及其互补序列与核酸序列数据库中的序列逐一进行对比 protein blast 蛋白质 蛋白质 用于鉴定蛋白质的氨基酸序列和在数据库中寻找相似序列 blastx 蛋白质 核苷酸(翻译) 把需要查询的核苷酸序列翻译成氨基酸序列,再在蛋白质数据库中查找相似序列 tblastn 核苷酸(翻译) 蛋白质 将核苷酸序列按6种读码框即时翻译后再与待检蛋白质序列进行比对 tblastx 核苷酸(翻译) 核苷酸(翻译) 将待检核酸序列与数据库中的核酸序列都按6种读码框翻译成氨基酸序列后再进行比较 smith-Waterman算法的快速、启发式版本：BLAST Basic Local Alignment Search Tool (基本局部相似性对比搜索工具) Megablast: 检索敏感度较低。寻找相似性较高的核酸序列。适用于查找与查询序列完全相同的序列。 blastn: 检索敏感度较megablast高。可用于寻找其他物种中与查询序列相似或相关的序列。 Discontiguouse-megablast: 检索敏感度较blastn高。可用于寻找相似度更低、亲缘关系较远的序列。 Nucleotide BLAST 的三种计算方式： 核酸序列与核酸序列间的对比只适合于寻找相似性较高的匹配序列，而不适合于远缘关系序列的检索。 blastp: 最简单的一种蛋白序列与蛋白序列间的对比算法。目的在于寻找不同蛋白序列间的相似区域。 PSI-blast: 通过寻找蛋白家族保守序列来提高查询敏感性的对比方法。对查询数据库进行多轮循环检索，以每一轮结构中相似性最高的序列来重新构建位点特异性打分矩阵（PSSM），以此矩阵进行下一轮检索。是在众多blast 程序中敏感性最高的一种，对于发现远缘物种的相似蛋白或蛋白家族新成员非常有效。 PHI-blast: 针对查询序列中包含某种特殊氨基酸排列模式的序列对比方法。 DELTA-blast: 与PSI-blast类似，敏感度较高的蛋白质序列对比方法。首轮查询的是蛋白质保守序列数据库（CDD）。 Protein BLAST 的四种计算方式： 输入需对比序列 要对比的序列范围 选择要对比的蛋白质数据库 选择要对比的物种 最大检索结果输出量 当查询序列较短时，程序会自动调整查询系数 E值的最高值限定 替代计分矩阵 空位罚分：空位开放罚分（A），空位扩展罚分（B） BLAST result Summary Graphical overview Descriptions table Alignment section Summary Graphical overview Descriptions table 相似性分数值（score）和比特分数 碱基/氨基酸配对得分及空位罚分的总和,匹配序列越长、相同碱基越多，分数越高。 期望值（expect） 表示目标片段与数据库中片段随机配对可能性的数值。由于概率而造成的相似性几率。 Alignment section 多序列比对 Feng和Doolittle的渐进比对方法 隐马模型 Feng和Doolittle的渐进比对方法 Feng和Doolittle的渐进比对方法 引物设计 Primer3web version 4.0.0 Pick primers from a DNA sequence. 启动子预测 FirstEF（First Exon Finder） 基于 II 类聚合酶识别的 DNA序列而开发的启动子预测软件。 potential first donor sites CpG-related and non-CpG-related promoter 转录因子预测 AliBaba2 predicting binding sites of transcr