结构生物学大分子模拟详解.pptVIP

?-sheets ?-sheets fulfill the hydrogen bonding potential of the main-chain atoms, except at the edges. Adjacent strands are usually close in sequence. Properties: Distance between Cas is ~3.6 ? in an extended strand Distance between strands ~4.6 ? Strands are not flat. They have a characteristic right-handed twist How are sheets defined? Antiparallel b-sheet Parallel b-sheet 当前第30页\共有65页\编于星期五\11点 反平行?回折 平行?回折 蛋白质分子的另一种主要结构成分是?回折，这种结构是蛋白质分子中若干段区域的称为?-链的多肽链形成的。 在?回折中， ?-链处于伸展状态，一条链的C＝O与另一条链的NH形成氢键。?-链可以有两种方式形成?回折：一种是所有的?-链均具有相同的方向(平行?回折)，另一种是相互靠近的两条?-链具有相反的方向(反平行?回折)。除了位于两侧的?-链外，所有肽链上的C＝O基团和NH基团均形成了氢键。 ?回折 当前第31页\共有65页\编于星期五\11点 ?回折 ?回折也可以混合的平行和反平行的形式存在。几乎所有的?回折，不管是平行的、反平行的、或者是混合的，均存在着链的扭曲，这种扭曲通常大部分是右手的。 E.coli thioredoxin Agkistrodon acutus serine protease Agkistrodon acutus zinc-metalloproteinase 当前第32页\共有65页\编于星期五\11点 ?-转角 ?-turn 蛋白质分子中肽链出现180?的回折，又称为 β－弯曲、链回转或发夹结构。 在?-转角部分，由四个氨基酸残基组成; 弯曲处的第一个氨基酸残基的 -C=O 和第四个残基的 –N-H 之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构。 这类结构主要存在于球状蛋白分子中。 当前第33页\共有65页\编于星期五\11点 β－转角靠第一个氨基酸残基的C=O和第四个氨基酸残基的NH形成氢键维持稳定，多数存在于球状蛋白质分子的表面。 当前第34页\共有65页\编于星期五\11点 无规则卷曲 也称自由回转或无规则线团 当前第35页\共有65页\编于星期五\11点 蛋白质分子表面的环区域 当前第36页\共有65页\编于星期五\11点 蛋白质分子表面的环区域（LOOP） 大多数蛋白质分子是由?-螺旋和/或?回折构成的。这些?-螺旋和/或?回折通常由不同长度和不规则形状的环区域相连接。 螺旋与回折的组合形成了分子的稳定的疏水内核，环区域位于分子的表面。主链上的这环区域的C＝O和NH基团一般不相互形成氢键，而是与溶剂中的水分子形成氢键。暴露于溶剂中的环区域的残基通常是一些带电的和亲水的残基，据此进行的环区域的预测可信度往往比对?-螺旋和?回折的预测还要高。 当前第37页\共有65页\编于星期五\11点 不同种属的蛋白质氨基酸残基序列同源比较表明，某些残基的插入/缺失往往发生在环区域。在分子进化的过程中，蛋白质分子的内核要比环区域更稳定。由于环区域具有连接螺旋、回折的功能，故环区域通常参与形成蛋白质的“结合部位”或酶的“活性中心”。 抗体的抗原结合部位的“发夹环” 锌金属蛋白酶 的“Met-turn” 蛋白质分子表面的环区域 当前第38页\共有65页\编于星期五\11点 蛋白质的结构可以通过旋转键的扭角来确定 当前第39页\共有65页\编于星期五\11点 ?多肽链折叠的主链构象角 当前第40页\共有65页\编于星期五\11点 描述蛋白质结构的扭角 N H O N H f y w c1 c2 当前第41页\共有65页\编于星期五\11点 蛋白质结构预测的从头计算 从头计算法（ab initio） 搜索分子的构象空间，找到最合适的构象 基本假设：天然构象 = 能量最低构象 搜索构象空间的方法 蛋白质的简化模型 特点：不依赖于已知的结构模式，是一种普适的解决方法，目前尚处于探索阶段 当前第42页\共有65页\编于星期五\11点 同源和比较模建方法 根据蛋白质结构的相似性，以已知蛋白质的结构为模板构建未知蛋白质的三维结构 在进化过程中蛋白质三维结构的保守性远大于序列的保守性，当两个