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江苏省杂草稻rc基因序列测定及分析 水稻通常是世界上广泛分布的。亚洲、非洲、南美洲和大西洋等50多个国家都有关于杂草水稻的报告。 杂草稻具有较强的生物竞争性, 与栽培稻竞争光、水分和营养 杂草稻的红色果皮是区别于普通栽培稻的一个重要特征 Rc基因是水稻果皮原花色素积累途径中最重要的调节基因之一, 位于第7染色体上, 全长约6.4kb, 包含有8 个外显子, 产物为一个具有碱性螺旋-环-螺旋 (bHLH) 元件的调节蛋白 为了说明江苏省杂草稻红色果皮基因的变异类型及探讨其来源, 在对江苏省杂草稻进行全面调查的基础上 1 材料和方法 1.1 江苏省杂草稻1份 序列分析样品总计179份, 其中我们新测定了13份样品, 其余166份样品来源于NCBI和现有文献。新测定的样品包括来自南通如皋 (WRL-1047) 、江都 (WRL-1334) 、常州 (WRL-2537) 、连云港赣榆 (WRL-3446) 、徐州邳州 (WRL-3478) 、盐城建湖 (WRL-3710) 、淮安 (WRL-3738) 、泰州兴化 (WRL-3779) 、南京江宁 (WRL-4658) 和苏州 (WRL-4781) 的杂草稻各1 份, 以及江苏粳型栽培稻 (WRL-163) 1份, 连云港穞稻 (WRL-162) 1份, 安徽塘稻 (WRL-1430) 1份。其中, 江苏连云港穞稻和安徽塘稻至少自生了上百年, 自古被认为是杂草稻 样品包括66份杂草稻 (O.spontanea) [ (56份美国南部杂草稻 (25°50′N-40°35′N) , 10份中国江苏杂草稻 (30°45′N -35°32′N) , 1份江苏省连云港穞稻 (Ludao) , 1 份安徽省塘稻 (Tangdao) , 1 份Perla Rosso, 70 份栽培稻 (O.sativa L.) (来自美国、中国、日本、印度、孟加拉国等) 以及24份普通野生稻 (O.rufipogon Griff.) 与3 份一年生野生稻 (O.nivara Sharma et Shastay) ;另外, 还包括2份展颖野生稻 (O.glumaepatula Steud.) , 2 份南方野生稻 (O.meridionalis Ng.) , 7份非洲栽培稻 (O.glaberrima Steud.) 和2份巴蒂野生稻 (O.barthii A.Chev.) (序列信息见在线辅助性表S2, /CN/article/showSupportInfo.do?id=2442) 。 1.2 独立设计、pcr扩增和序列测量 单株种植于南京农业大学江浦农场, 于分蘖期收取单株叶片, 以SDS法提取DNA 1.3 处理数据 测序片段的拼接和序列比对采用Vector NTI8.0 2 结果与分析 2.1 日本雪rc基因第735. 所有材料利用脱壳机脱去种子外壳, 查看颖果果皮颜色 (图1-A) , 其中普通野生稻、穞稻 (WRL-162) 和塘稻 (WRL-1430) 以及10 份江苏省杂草稻是红色果皮;日本晴与江苏粳型栽培稻 (WRL-163) 为白色果皮。 这排除了江苏省杂草稻以及穞稻 (WRL-162) 和塘稻 (WRL-1430) 为rc、Rc-s、rc-g1等位基因型的可能性。 采用Primer 5.0 软件针对日本晴Rc基因第7外显子缺失14 bp的部位, 设计了PCR引物RED4, 其中, RED4-For:5′-TTACAGGGGAGCAG AAACA-3′, RED4-Rev:5′-TCTTCTCCTCTCTT TCAGCAC-3′。红色果皮RED4PCR理论产物为118bp, 白色果皮RED4PCR理论产物为104bp。RED4对稻种样品单株DNA扩增片段PAGE胶电泳结果显示 (图1-B) , 穞稻 (WRL-162) 和塘稻 (WRL-1430) 及10 份江苏杂草稻、普通野生稻的PCR产物带型一致, 片段大小与预期的118bp一致。而日本晴对照材料以及江苏水稻材料均缺失14bp, 大小与预期的104bp一致, 说明江苏穞稻和杂草稻的红色果皮基因均不存在14bp的缺失, 排除了rc 为了检测是否还存在其他等位基因, 对穞稻、塘稻、10个江苏杂草稻样品、江苏省粳型栽培稻进行Rc全基因测序, 并与目前发现的6种Rc等位基因进行共线性分析, 结果显示本次测定的江苏10杂草稻样本与穞稻和塘稻均为Rc野生型 (图2) 。 2.2 rc基因及进程 在179份样品中, 去除展颖野生稻 (O.gluma-epatula Steud.) 2份、南方野生稻 (O.meridionalis Ng.) 2份、非洲栽培稻 (O.glaberrima Steud.) 7份、巴蒂野生稻 (O.barthii A.Chev.