谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析.docxVIP

? ? 谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析 ? ? 申慧敏，吴年隆，王亚敏，王兴春 （1.山西农业大学生命科学学院，山西 太谷 030801；2.山西农业大学基础部，山西 太谷 030801） 光在植物生长发育各个阶段起重要的调控作用，植物中诸如种子萌发、向光性生长、光呼吸和光合作用等生理生化现象都与其密切相关。植物通过光受体感知光信号，通过信号转导，调节基因表达，控制细胞分裂、分化与生长，最终调控器官发育和形态建成，其中，光受体在这个过程中起重要调节作用[1]。光敏色素是一类能吸收红光与远红光，且可相互转化的色素蛋白，可分为光不稳定型的类型Ⅰ光敏色素（typeⅠphytochrome，PⅠ）和光稳定型的类型Ⅱ光敏色素（typeⅡphytochrome，PⅡ），无论是单子叶植物还是双子叶植物，PⅠ由PHYA编码，PⅡ由非PHYA的光敏色素基因编码[2]。研究表明，光敏色素与植物的避阴反应和抽穗开花期相关，此外，光敏色素还参与了形态建成、诱导多种酶的合成、植物激素代谢等生理过程[3-5]。 光敏色素存在植物的各个组织中，生理作用广泛，调节植物从生长发育到衰老的形态建成。近年来，光敏色素的功能相继被解析出来。启动光敏色素信号的第1 步是通过PHYA 感知远红光或PHYB-PHYE 感知红光来改变Pr 和Pfr 的构象，光活化后，光敏色素从细胞质转移至细胞核[6-7]。激活后的光敏色素复合体与下游作用因子PIFs 和COP1-SPA相互作用[8]。PIFs是bHLH转录因子，在光敏色素介导的信号网络中起枢纽作用[9]，光敏色素与核内的PIFs 相互作用，诱导PIFs 磷酸化，并通过泛素26S 蛋白酶降解蛋白，因此，光敏色素通过降解光形态发生的负调控因子PIFs 来介导光形态发育[10]。此外，KOZUKA等[11]研究发现，光敏色素通过协调油体脂质的降解及其代谢产物糖的产生，参与去黄化过程中子叶变绿过程，在植物去黄化过程中起到关键作用。LI 等[12]研究发现，玉米中的ZMPYC1和ZMPYC2基因可调控植株开花时间和株型结构，为耐密玉米品种的选育提供了新思路和理论基础。XIN 等[13]研究发现，光敏色素信号（SFPS）剪接因子能与光受体光敏色素B 直接相互作用响应光信号，通过调控光信号AAA 传导和昼夜节律基因mRNA 前体的剪接来调节光介导的植物发育过程。 谷子（Setaria italica）是世界上最古老的驯化作物之一，与其他作物相比，其具有许多优良性状，包括抗旱、耐贫瘠，C4高光效，在旱作可持续生态农业建设中具有重要作用[14-16]。然而，鲜见有关对SiPHY基因家族成员及功能的研究报道。 本研究利用生物信息学方法鉴定分析谷子中PHY基因家族成员及其在不同光周期条件下的表达模式，有助于研究光敏色素与谷子光敏感性间的关系。 1 材料和方法 1.1 试验材料 供试材料有野生型晋谷21、黄粟、大同红谷和早熟突变体xiaomi（晋谷21 的EMS 诱变突变体）、xiaomi3（黄粟的自然诱变突变体）、xiaomi4（大同红谷的自然诱变突变体）。 1.2 试验方法 1.2.1SiPHY基因家族序列鉴定及理化性质分析从拟南芥（Arabidopsis thaliana）数据库TAIR（/）中获得5个PHY家族成员（At-PHY）的蛋白序列，在Phytozome 数据库（/pz/portal.html）中下载水稻、高粱、玉米和狗尾草的基因组数据，在谷子多组学数据库（/MDSi.htm）下载谷子xiaomi的基因组数据。利用拟南芥AtPHY 蛋白序列通过Bio Edit 软件中的Local BLAST 程序筛选xiaomi、水稻、高粱、玉米和狗尾草的PHY 蛋白序列，筛选不稳定条件为E-value＜10e-10，并利用Pfam（/）进行结构域验证。最后利用在线网站ExPASy（/protparam/）对谷子SiPHY 蛋白的氨基酸数目、分子质量、等电点（PI）、不稳定系数和脂肪系数等理化性质进行预测。 1.2.2SiPHY基因家族进化分析 将1.2.1 中筛选鉴定到的谷子、拟南芥、水稻、高粱、玉米和狗尾草的PHY基因，利用MEGA 7.0 软件中的Align By Muscle 程序对6 种不同物种的PHY 家族成员的蛋白序列进行多序列比对，并采用邻接法（NJ）构建系统进化树，Bootstrap参数设置为1 000。 1.2.3SiPHY基因家族的保守结构域和基因结构分析 使用在线网站MEME（/tools/meme）预测谷子SiPHY基因的保守基序，Motif数目设置为10，然后利用TBtools 绘制xiaomiPHY家族基因的基因结构和保守基序图。 1.2.4SiPHY启动子顺式作用元件分析 在谷子多组学数据库