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土壤污染生态研究中的组学技术 随着工业化、城市化和农业一体化的快速发展，人类对农业资源的高度开发和利用导致了环境的日益严重的显性和隐性污染，已成为世界和社会的中心。人们对污染问题的普遍重视也极大地促进了污染生态学的发展。随着分子生物学、系统生物学以及各种高新检测技术的发展,许多新兴的分子生物学和“组学”研究方法与技术逐渐被引入到污染生态学的研究中。这些技术的引入揭示了许多污染生态学中的重要机理,同时也为环境监测、污染治理与生物修复等领域提供了更为科学和灵敏的方法,从而极大地推进了污染生态学的理论和实践的发展。 应用于污染土壤微生物生态的分子生物学技术大致可分为两类:一类是核酸杂交技术,包括原位杂交技术(In situ hybridization,ISH)及由其发展而来的荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH);另一类是基于PCR的DNA指纹图谱分析技术,包括扩增核糖体DNA限制性分析(Amplified ribosomal DNA restriction analysis,ARDRA)、末端限制性片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)、变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)、温度梯度凝胶电泳(Temperature gradient gel electrophoresis,TGGE)以及单链构象多态性分析(Single strand conformation polymorphism,SSCP)等。这些技术在污染土壤微生物多样性的研究中已经得到了较为广泛的应用。进入21世纪以来,随着新一代高通量测序技术的发展,宏基因组学研究极大地扩展了对土壤微生物群落的基因组成、意义以及遗传变异性等方面的知识。然而,如何将污染土壤中微生物的多样性与其功能联系起来,仍然是污染生态学研究中一个倍受关注的科学热点问题。随着蛋白质组学技术和生物信息技术的发展,宏蛋白质组学和代谢组学的出现扩展了对土壤微生物遗传和功能多样性的认知范围。这一系列“组学”(-Omics)的研究,逐步把分子生物学时代推向系统生物学时代。 本文分别综述了分子生物学和系统生物学中主要技术的原理、优缺点及其在土壤污染微生物生态学研究中的应用进展。 1 土壤微生物多样性的分析方法 土壤中存在的大量微生物对整个生态系统产生着重要的影响,土壤微生物多样性是调节陆地生态系统功能的至关重要因素。然而,随着工业化、城市化、农业集约化的快速发展,大面积土壤环境受到严重污染,在污染的胁迫下可能导致土壤微生物群落多样性和结构的变化。研究土壤微生物多样性的方法很多,目前大致可分为以下几类:(1)传统的微生物平板分离培养方法;(2)基于微生物碳源利用的Biolog微平板分析法;(3)磷脂脂肪酸分析法;(4)分子生物学分析方法;(5)其他方法,如用于微生物生物量测定的氯仿熏蒸法、用于测定土壤酶活性的分析方法等(图1)。其中,基于核酸分析的分子生物学方法克服了传统的微生物分离培养技术的局限,可以从分子水平揭示土壤微生物生物多样性和群落结构,因此正日益成为学术界的研究热点之一。本节主要综述了核酸杂交技术和基于PCR的DNA指纹图谱分析技术等分子生物学方法的原理、优缺点及其在污染土壤微生物生态学研究中的应用现状与发展前景。 1.1 原子能混合分析技术 1.1.1 土壤环境微生物多样性 1988年,Giovannoni等首次将原位杂交技术引入细菌学的研究,使用放射性标记rRNA寡核苷酸探针,特异性探针进入待测样品细胞内与DNA或RNA杂交,以确定探针的互补序列在细胞内的定位,进而分析目标微生物在样品中的构成与分布情况。由于该技术的高度特异性和灵敏性,近年来被广泛应用于土壤环境微生物多样性的研究。用于土壤微生物多样性研究的常用探针包括:rRNA基因探针、抗性基因探针、代谢酶基因探针等。其中,具有种属特异性的16S rRNA或23S rRNA基因探针是核酸杂交技术中最常用的探针。目前已针对不同种属的微生物设计出多种特异性rRNA基因探针,包括细菌EUB338探针、古细菌ARCH915探针、α变形菌ALF1b探针、β变形菌BET42a探针等。应用抗性探针对污染土壤特别是重金属污染土壤样品进行杂交也是检测污染土壤微生物群落的有效方法之一,目前研究和应用较为广泛的抗性探针包括抗Hg基因merA探针、抗铜基因cop探针、抗Cr基因chr探针等。此外,还有文献报道针对编码特异污染物降解酶基因的探针,如分别利用编码石油、四氯乙烯以及三氯乙烯降解酶的基因探针研究土壤中污染物降解菌的组成与分布。 1.1.2 微生物