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林木microrna研究进展 0 mirna的研究 作为2002年科学发现的第一名科学家，纳米颗粒是生物研究的焦点。micro RNA (mi RNA) 是指长度为20~24 nt的非编码调控单链小分子RNA, 由一段具有发夹环结构的长度为70~80 nt的单链RNA前体 (pre-mi RNA) 剪切后生成。这些小RNA能够与特定的目标m RNA的3’端非编码区域互补匹配, 进而起到转录后基因沉默和染色质修饰的作用。1993年Lee等在秀丽线虫中发现了一个不编码蛋白质但在线虫发育转变过程中起到重要作用的小RNA分子, 这是发现的第1个mi RNA。随后几年的研究发现, mi RNA是st RNA中的一个大家族, 并且很容易在线虫、果蝇、植物、哺乳动物中找到。mi RNA的功能也并不局限于发育调节, 相反mi RNA参与生命过程中一系列的重要进程, 包括早期发育、细胞增殖、细胞凋亡、细胞死亡、脂肪代谢和细胞分化等。 mi RNA已成为植物分子生物学领域研究热点之一, 相对于模式草本植物拟南芥、水稻等, 有关林木mi RNA的研究起步较晚。但mi RNA应用于林木的遗传改良已有成功的报道。测序技术日益发展使基因数据库或者转录组数据库的充实, 为mi RNA的挖掘和功能研究提供了有利的数据支持。研究人员在越来越多的树种中开展了mi RNA研究, 例如:杨属中的毛果杨、胡杨、毛白杨、杂交杨;果树中的柑橘、苹果、桃、梨;经济林木中的桉树、茶树、橡胶树、麻疯树;抗逆林木中的沙冬青;裸子植物中的云杉和松树。科学家们除了挖掘其中丰富的mi RNA资源以外, 还对一些mi RNA的功能做了深入的挖掘。但是对于庞大的林木基因库来说, 目前mi RNA功能验证的研究只是沧海一粟, 许多mi RNA的功能还是假定的或者未知的。本研究主要综述国内外林木mi RNA研究最新进展, 提出未来可能的研究趋势, 以供相关研究人员参考。 1 mirna的sna和转录组测序特点 Llave等首次描述了植物中RNA沉默是一个外源基因抑制了一个内源基因。2002年, 在拟南芥中发现了第1个植物micro RNA。随后的发现认为RNA沉默与小分子RNA息息相关, 这为研究小干扰RNA敞开了大门。 Mi RNA的形成是一系列复杂的过程, 初始转录物 (pri-mi RNAs) 通过多次裂解 (如Dicer类似酶) 形成短的双链分子, 最后形成成熟的mi RNA。成熟的mi RNA3’末端甲基化整合到RNA诱导的沉默复合体 (RISC), 通过抑制翻译或降解目标m RNA起到基因表达的负调控。另一条与mi RNA互补链称之为mi RNA*随之降解。 植物mi RNA的鉴定途径一方面是s RNA的c DNA文库测序, 另一方面是对EST或全基因组序列进行生物信息学预测。测序技术的进步大大加快了s RNA的发现, 基因组和转录组的汇集也有助于mi RNA的鉴定。高通量测序也在全基因组的水平上证实了mi RNA靶基因的切割位点。植物mi RNA的功能研究主要集中在各种胁迫以及各个发育阶段mi RNA的表达, 树木mi RNA的研究也主要聚焦到这些方面。 2 mirna影响植物响应 3.85亿年前, 早期木本植物演化阶段, 林木就已经成为了地面景观和陆地生命进化的主导者。区分木本植物与草本植物的主要特征是木本植物木材的形成, 植株高大, 常年生长和能够进入休眠等。千百年来的极端环境下, 林木在很长一段时间内必须适应各种生物和非生物胁迫。mi RNA参与调控植物响应胁迫的过程以及生长发育过程。林木mi RNA已成为林木分子遗传领域研究的热点。 2.1 mirna的图像表达 杨树是速生树种, 基因组大小为450 Mbp, 比其他树种基因组略小, 并且杨树在相对短的时间内就可以达到生殖成熟。杨树是一种重要的木本模式生物, 在mi RNA方面的研究领先其他树种。Sunkar和Zhu首次发现3个杨树的mi RNA (mi R397a、mi R403和mi R408) , 它们和拟南芥mi RNA有相似的茎环结构序列。依据毛果杨的基因组注释, 并且基于水稻和拟南芥mi RNA计算方法可得到毛果杨具有169基因位点的21个mi RNA。结合小RNA克隆, 计算茎环结构和利用5’race靶标验证, 丰富了毛果杨mi RNA的数量。 Lu等第1次系统挖掘毛果杨的mi RNA, 从2年生树的次生木质部共获得了21个家族的22个mi RNA。其中10个新的mi RNA靶基因通过信息学预测和5’race的实验验证, 它们参与运输、蛋白修饰、信号转导等。凝胶印迹和实时定量PCR表明大多数mi RNA在不同组织或者经受弯压的发育木质部 (机械压力) 呈现不同的表达模式, 这表明这些mi RNA与木材张力的