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微生物视紫红质的生物三界系统发生分析 微生物视紫红质（rhodopsin）广泛分布于广泛的古细菌、细菌和细胞真核生物中。有两个显著的特点：1）所有微生物的颜色为紫色，带有七种不同的螺线结构。2）以类黄酮（维生素a的衍生物）为发色基，用蓝色色调的基质产生感觉。为2型复合紫红色素，也被称为1型复合紫红色素，以区别于高等多细胞动物的2型复合紫红色素。尽管2型公共交通紫色原的2号性颜色没有明显变化，但它们之间的进化关系尚不清楚。这是由于2型公共交通紫色原的氨基酸序列水平上的相同性。因此，使用的黄羧结构也不同于微生物的公共交通紫色原。 微生物视紫红质的功能非常多样化,包括了光能驱动的质子和氯离子泵、趋光性感受器和其他未知功能.在失去色基团视黄醛后,其脱辅基蛋白在酵母作为热激蛋白,在外界压力刺激下,起调低氢离子ATP酶活性的作用.微生物视紫红质的最大光吸收值在光谱中分布比2型视紫红质要窄,基本范围在蓝光(487 nm)到红光(587 nm)间. 微生物视紫红质的基因重复并非罕见,在普通嗜盐菌(Halobacterium salinarum)中有4份微生物视紫红质的拷贝.在高等植物水稻的基因组中也发现了编码了微生物视紫红质的核苷酸序列,但该核苷酸序列是否在水稻中表达还是未知,所以只能称这个微生物视紫红质为假设视紫红质.这类假设的视紫红质的出现说明微生物视紫红质的存在不仅限于单细胞微生物中,其进化和分布可能非常复杂.光能利用视紫红质(proteorhodopsin)在海洋细菌中分布极其广泛,包括了γ-蛋白质菌、α-蛋白质菌和海洋杆菌.对这些浮游细菌的视黄醛合成基因所进行的系统发生分析表明:光能利用视紫红质在浮游细菌中广泛的分布可能归因于水平基因传递和共同进化. 目前为止还没有关于微生物视紫红质在生物三界系统中进化和分化过程的研究.不同物种中的微生物视紫红质间的氨基酸序列和长度差异非常大,真核生物莱茵衣藻中起趋光性感受器作用的微生物视紫红质长达737个氨基酸,而海洋中γ-蛋白质菌中细菌视紫红质的长度只有229个氨基酸.并且微生物相对多细胞生物而言,进化历史更长,基因内中性突变更多,基因序列中的同源区域不易确定.因此基于微生物视紫红质的7个α螺旋跨膜结构为基础的系统发生分析,可以更精确地反映微生物视紫红质的进化.为了了解微生物视紫红质在三界系统中的进化和分化过程,本文对美国基因数据库(GenBank Database)中微生物视紫红质的蛋白质序列用酵母热激蛋白进行了PSI-BLAST搜索,对筛选到的微生物视紫红质做了蛋白质结构和序列比对,并对比对结果进行了基于7个α螺旋跨膜结构的系统发生分析. 1 材料和方法 1.1 psi-blast算法 我们用酵母热激蛋白对美国基因数据库(GenBank Database)进行了PSI-BLAST搜索.酵母热激蛋白(Yeast 30 kDa heat shock proetin)和微生物视紫红质在进化上有很弱的同源性.PSI-BLAST(Position-Specific Iterated BLAST,特异位点迭代BLAST)对有非常弱的同源性氨基酸序列比较敏感.PSI-BLAST算法会产生一个特异位点得分矩阵(position-specific score matrix),使用这个矩阵对数据库进行反复的迭代BLAST搜索.每次搜索得到的新序列也会被加入这个矩阵中,所以即使进化上非常遥远的序列只要有很弱的同源性也可以用PSI-BLAST搜索到. PSI-BLAST算法被整合在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的蛋白质BLAST网页上.在PSI-BLAST算法参数中,我们把数据库设为非冗余蛋白质序列数据库(Non-redundant protein sequences),矩阵(Matrix)设为BLOSUM80,阈值(Threshold)为0.005.BLOSUM80矩阵对同源性弱的序列比BLOSUM45矩阵和BLOSUM62矩阵更敏感. 我们进行了多次迭代搜索,第4次迭代搜索后找到的新序列基本上都是直接从环境中(uncultured bacterium)测序的序列,由于无法知道这些细菌的准确分类,我们排除了第4次迭代后搜索到的序列.我们对前3次迭代搜索中找到的序列也进行了筛选,排除了长度小于200个氨基酸、非视紫红质(hypothetical protein or unnamed protein)和高于阈值(E-value0.005)的序列.对具有相同E值的序列,其中相当一部分是不同名称重复出现的相同序列,即使是不同的序列由于E值相同,它们同酵母热激蛋白在进化距离上也相似,所以对具有相同E值的序列我们也只取其中的1条或2条序列. 1.2 mammol-malth-malth结构比对 对于序列同源性不高的微