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海岸带微生物群落结构与功能的研究进展 生物多样性对生态系统的功能和服务非常重要（卡inale，2011；midoly，2012），共生机制。 多样性与生态系统功能关系的形成中扮演着重要角色(张全国和张大勇,2003)。微生物在全球生物地球化学循环中发挥着重要功能,其中微生物介导的氮循环过程可影响全球变化并对其作出响应(沈菊培和贺纪正,2011;杜建国等,2012)。但目前大部分微生物都不能在实验室中获得培养,因此微生物生态学研究多将微生物群落当作“黑箱”来看待。基于分子标记(如16S r RNA基因、关键酶基因等)的一系列分子方法克服了环境中大多数微生物不能成功培养的难题,如今已成为微生物群落结构与多样性研究的常用工具(郭良栋,2012)。越来越多的研究证明,微生物的群落结构、多样性与其功能具有紧密联系,在海洋微生物多样性与氮循环研究中也不例外(ZehrKudela,2011)。新发现的氮循环参与者如氨氧化古菌、厌氧氨氧化菌,引发了对它们在不同生态系统中多样性、功能与贡献的进一步研究,从而使整个微生物氮循环途径不断被改写,使全球氮收支被更新(Beman et al.,2007;Groβkopf et al.2012)。 近年来,有关海陆交汇带区域的氮循环微生物分子生态学研究方兴未艾,这与海岸带生态系统在全球碳氮循环中的重要地位及其面临的若干重大生态环境问题有一定的关系。地球上约1/3的海洋初级生产力来自大陆架及海岸带环境;由于海岸带区域(河口、潮滩、湿地、浅海等)水位较浅,浮游植物产生的有机质约50%沉到海底,并且大部分被沉积物中的微生物所分解,因此海岸带沉积物在全球物质循环中起着重要的作用(J?rgensen,1996)。沉积物中微生物的活动在很大程度上控制着海洋生物可利用氮的输入和输出,进而对初级生产发挥着重要的调节作用(Driscoll,2003)。海岸带生境虽各有特色,但在空间上呈网络式联系,微生物转化氮的步骤虽较多但也常紧密耦合,因此,需要全景式地展示海岸带系统中氮循环微生物的多样性、功能与贡献。最近,我们综述了近海沉积物中微生物氮转化过程的速率、通量、丰度及调控机制(龚骏和张晓黎2013),本文则重点介绍以分子标记为主要手段的研究成果,总结海岸带沉积物中固氮、氨氧化、反硝化、硝酸盐铵化和厌氧氨氧化功能类群的物种与功能多样性、群落组成特征及时空变化规律。 1 海洋近岸沉积环境中固氮生物群落及多样性 30年前,一般认为海洋环境中底栖微生物固定的氮贡献了大部分的“新”氮(15 Tg N/yr),而水体中浮游细菌固定的氮只占一小部分(4.8 Tg N/yr)(CaponeCarperter,1982)。此后浮游固氮微生物的研究对其固氮贡献的估计提高了约20–40倍(Karl et al.,2002)。近来,利用改进同位素示踪法(Mohr et al.,2010)测定固氮速率的结果显示,海洋微生物的固氮贡献被大大低估。新老方法在结果上的差异与微生物群落组成相关(Groβkopf et al.,2012),因此底栖固氮微生物的多样性及其贡献有待重估。 海洋环境中固氮微生物种类众多,根据16S r RNA基因的分析,蓝细菌/蓝藻(Cyanobacteria)、α-,β-,γ-,δ-变形菌纲(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)的多个类群是近岸底栖环境中常见的固氮菌。除细菌之外,某些甲烷氧化古菌(ANME-2)同样具有固氮作用(Miyazaki et al.,2009)。由于固氮菌各类群间亲缘关系较远,基于16S r RNA基因的分析不能反映它们的功能,而固氮酶铁蛋白基因(如nif H)较为保守,且已知的nif H基因序列非常丰富,因此nif H成为研究环境样品中固氮菌多样性最常用的分子标记。根据nif H的系统发育可将固氮微生物分为5个主要的类群(Clusters I–V),每一类群又分成若干子类,与固氮菌16S r RNA基因具有较好的类群对应关系(Zehr et al.,2003;Raymond et al.,2004)。海洋沉积物中的固氮菌主要隶属于Cluster I与III两个类群:其中Cluster I包括所有的蓝细菌、大部分的变形菌、放线菌(Actinobacteria)和部分厚壁菌;Cluster III则主要包括厌氧细菌和古菌,如螺旋体(Spirochetes)、产甲烷菌(Methanogens)、产乙酸菌(Acetogens)、硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria)、绿硫菌(Chloracea)、梭菌(Clostridia)等(Zehr et al.,2003;GabyBuckley,2011)。 对不同环境中nif H基因序列的系统分析发现:海洋环境中