油茶基因组SMRT数据的统计分析_赵松子.pdfVIP

第卷第期，

462南方林业科学Vol.46No.2

年月SouthChinaForestryScience

20184Apr.,2018

DOI编码：10.16259/ki.36-1342/s.2018.02.001

油茶基因组SMRT数据的统计分析

赵松子

（江西省林业科学院,江西南昌330013）

摘要：利用PacBioSMRT技术对普通油茶（Camelliaoleifera）良种“赣无1号”进行全基因组测序,获得40.1G的

酶读段数据，共计3862324条酶读段。亚读段的数据量为40.06G，共计4730681条亚读段。对亚读段数据及茶树（C.

sinensis）基因组进行比对分析，结果表明，测序正确率为91.41%，普通油茶与茶树基因组序列的相似度为93.38%。

关键词：油茶;单分子实时测序;基因组;茶树

分类号：文献标识码：文章编号：

S794.4:Q78A2095－9818(2018)02－0001－03

StatisticsandanalysisonSMRTreadsfromtheCamelliaoleifera

genome

ZhaoSongzi

(JiangxiAcademyofForestry,NanchangJiangxi330013,China)

Abstract:UsingPacBioSMRTtechnology,thewholegenomeofCamelliaoleiferacultivar‘ganwu1’wassequenced.

Polymerasereadbaseswere40.1Gandthereadsnumberwere3862324.Therewere4730681subreadswhichincluded

40.06Gbases.Theresultsshowedthatsequencingcorrectratewas91.41%andgenomicsimilaritybetweenC.oleiferaand

C.sinensiswas93.38%byanalyzingthesubreadsandteatreegenome.

Keywords:Camelliaoleifera;SMRT;genome;C.sinensis

山茶属（Camellia）是山茶科（Theaceae）中最大的油茶基因组的组装提供了良好的参考基因组。

属，起源于中南半岛和中国云南及广西南部的热带本研究以通过国家林业局林木品种审定委员会

[1]

地区，并广泛分