基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释_刘小红.pdfVIP

湖南农业大学学报(自然科学版)2022，48(1)：27–32．DOI：10.13331/ki.jhau.2022.01.005

JournalofHunanAgriculturalUniversity(NaturalSciences)

引用格式：

刘小红．基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释[J]．湖南农业大学学报(自然科学版)，2022，

48(1)：27–32．

LIUXH．Characterizationofthefull-lengthtranscriptomeusingSMRTtechnologyandfunctionalannotationof

thegenesinMetasequoiaglyptostroboides[J].JournalofHunanAgriculturalUniversity(NaturalSciences)，2022，

48(1)：27–32．

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基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释

刘小红1,2

(1.西华师范大学生命科学学院，四川南充637002；2.西南野生动植物资源保护教育部重点实验室，四川南充

637002)

摘要：以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经mRNA纯化、反转录、全长转录组

文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。

结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0Gb

的数据，质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads；转录本经去冗余处理后

共获得61057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对

水杉unigenes作CDS(codingsequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144~6477nt，平均长度约

为679nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。

关键词：水杉；单分子测序技术；全长转录组；基因；功能注释

中图分类号：Q943.2文献标志码：A文章编号：1007−1032(2022)01−0027−06

Characterizationofthefull-lengthtranscriptomeusingSMRTtechnology

andfunctionalannotationofthegenesinMetasequoiaglyptostroboides

LIUXiaohong1,2

(1.CollegeofLifeScience,ChinaWestNormalUniversity,Nanchong,Sichuan637002,China;2.KeyLaboratoryof

SouthwestChinaWildlifeResourcesConservation(MinistryofEducation),Nanchong,Sichuan637002,China)

Abstract:Thisstudyselectedtheyoungroots,stemsandleavesofthenativespeciesMetasequoiaglyptostroboides(M.

glyptostroboides)asmate