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2024纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识（全文）

摘要

为提高危重症感染性疾病的诊断及救治水平，规范纳米孔测序的临床应用，

促进该技术的良性发展，中国药理学会治疗药物监测研究专业基层委员会

和广东省药学会临床治疗精准用药专家委员会联合发起并组织多学科专

家，采用名义群体法、德尔菲法等，制订了«纳米孔测序在病原微生物检

测中的应用专家共识〉〉，对纳米孔测序（涵盖靶向测序、宏基因组测序和

全基因组测序等方向）的样本采集与运输保存、检测过程、生物信息学分

析、报告解读等全流程进行了规范，并对其中的关键问题给出了推荐意见。

感染性疾病是由病原微生物引起的疾病的统称，目前仍然是全球公共卫生

的重大威胁。实现病原微生物的快速精准检测对千感染性疾病的诊治具有

非常重要的临床价值。目前，临床实验室针对病原微生物的检测主要有三

类方法：（1)基千病原分离培养的方法。该方法是目前感染性疾病诊断的

“金标准＂，但因培养周期较长、阳性率低，许多病原微生物培养困难甚

至无法培养，难以实现有效的病原体检测，从而导致诊断延误或漏诊；同

时，延迟的病原学诊断也导致了广谱抗菌药物的不当使用和过度使用，使

得病原菌耐药性增强、高耐药病原微生物在临床流行。(2)基千免疫学的

检测方法，如抗原、抗体检测。该方法操作简便、成本低，但结果易受干

扰，容易出现假阳性／假阴性。（3)基千分子生物学的检测方法，如荧光

聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)、杂交芯片等。这些

方法具有快速、灵敏、特异等优点，但属千靶向性检测，不能检测未知病

原体，且单次检测的靶标数量有限。

随着基因组学技术的发展，高通量测序技术为病原微生物的鉴定提供了新

的技术手段。该技术通过对样本核酸序列的测定可以实现传染病病原微生

物的快速准确鉴定，而且检测通量高、耗时短，正越来越多地应用千临床

感染性疾病的诊断和疫情防控之中。目前，高通量测序技术（也称“新一

代测序技术”)，泛指第二代测序技术(nextgenerationsequencing

technique,NGS)和第三代测序技术(third-generationsequencing

technique,TGS)。其中，NGS测序通量高，但其测序读长较短，导致

后续在进行生物信息学分析时基因组拼接困难，且测序时存在高GC偏好

性，上述缺点使其应用受限，也因此推动了TGS的发展。TGS因其超长

的测序读长弥补了NGS的不足，逐渐被应用千临床各个领域。依据检测

目的和方法的不同，TGS主要分为靶向测序(targetednextgeneration

sequencing,tNGS)宏基因组(metagenomicnextgeneration

、测序

sequencing,mNGS)和全基因组测序(wholegenomesequencing,

WGS)等方向；依据测序原理的不同，则可分为纳米孔电信号测序［以纳

米孔单分子测序（以下简称“纳米孔测序”)为代表］和单分子荧光信号测

［(singlemoleculerealtime,SMRT)技术为代表］。

序以单分子实时测序

其中，相较千单分子荧光信号测序，纳米孔测序具有设备小型化、便携的

特点，可以在床旁、野外开展样本检测，符合临床上即时检测的需求，可

缩短临床病原微生物的诊断时间，改善抗生素滥用问题。近年来纳米孔测

序已经在病原微生物检测、感染性疾病甚至重大公共卫生问题流行期间