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切花百合病毒种类高通量鉴定和检测技术规程

1范围

本文件规定了切花百合病毒种类高通量鉴定和检测的术语和定义、样品采集与处理、切花百合病毒种类高通量鉴定和检测方法以及结果判定的技术要求。

本文件适用于已报道的切花百合病毒种类的鉴定。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T28071黄瓜绿斑驳花叶病毒检疫鉴定方法

GB/T30989高通量基因测序技术规程

GB/T35537高通量基因测序结果评价要求

GB/T35890高通量测序数据序列格式规范

GB/T40664用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求

NY/T402脱毒甘薯种薯(苗)病毒检测技术规程

NY/T1744切花百合脱毒种球

3术语和定义

GB/T30989—2014、GB/T35890—2018、GB/T40664—2021及NY/T1744—2009界定的以及下列术语和定义适用于本文件。为了便于使用，以下重复列出了GB/T30989—2014、GB/T35890—2018、GB/T40664—2021及NY/T1744—2009中的某些术语和定义。

3.1

切花百合病毒病cutlilyvirusdiseases

指由单一或复合病毒侵染百合植株造成植株矮化、花朵变小；叶片花叶、褪绿、斑驳、规则或不规则坏死斑、畸形等疑似病毒为害症状的病害。

[来源：NY/T1744—2009,4.23，有修改]

3.2

高通量测序high-throughputsequencing

又称“下一代测序技术”（Next-generationsequencingtechnology）,区别于传统双脱氧测序，是指一种能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通常一次测序反应能产生不低于100Mb的测序数据。

[来源：GB/T30989—2014,7.24，有修改]

3.3

测序片段reads

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高通量测序平台产生的含有碱基序列和质量值的序列片段。

[来源：GB/T35890—2018,2.6]

3.4

转录组高通量测序transcriptomehigh-throughputsequencing

基于高通量平台，针对细胞内某一功能状态下所能转录出来的所有RNA（主要包括mRNA和非编码RNA），进行平行序列测定的技术，通常一次测序反应能产生不低于100Mb的测序数据。

3.5

过滤片段cleanreads

指高通量测序reads序列过滤后的测序片段。

3.6

测序通量throughputofgenesequencing

单次测序可获得序列信息的基因片段数量或可测定的脱氧核糖核酸（以碱基表示）数量。[来源：GB/T30989—2014,7.24]

3.7

核苷酸nucleotide

构成核酸的基本单位，由五碳糖、磷酸和环状的含氮碱基三部分组成。

[来源：GB/T30989—2014,7.24]

3.8

测序读长readlengthofgenesequencing

测序能测的最长基因片段，通常以碱基数表示。

[来源：GB/T30989—2014,7.24]

3.9

碱基识别质量qualityofbasecalling

衡量碱基正确识别的概率，通常以数字值表示。Q表示碱基识别质量，Q20表示测序质量值大于20的碱基占总碱基的百分比，Q30表示测序质量值大于30的碱基占总碱基的百分比。

[来源：GB/T30989—2014,7.24]

3.10

RNA完整值(RIN)RNAintegritynumber(RIN)

反映RNA完整性的数值。

[来源：GB/T40664—2021,10.11]

3.11

接头adapter

为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段。

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3.12

FASTQ格式FASTQformat

FASTQ是基于文本的、保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的、每四行表示一条序列的标准格式。

[来源：GB/T35890—2018,2.6，有修改]

3.13

核酸序列对蛋白质序列库比对BLASTX

自动将输入的核苷酸序列翻译为氨基酸序列后（根据可能的读码框和编码链的差别，一段核苷酸序列可能翻译为六种氨基酸序列），比对数据库中的蛋白质序列。

3.14

植物病毒分离物数据库databaseofplantvirusisolates

已公布的所有植物病毒分离物序列合集。

4样品采集