基于DNA高通量条形码的种实昆虫寄主专一性研究.pdf

目录

摘要III

ABSTRACTV

1绪论1

1.1生物多样性1

1.1.1生物多样性的地理格局1

1.1.2生物多样性纬度梯度格局的成因2

1.1.3昆虫寄主专一性研究现状4

1.2基于DNA的分类5

1.2.1DNA条形码概述5

1.2.2DNA条形码的发展6

1.2.3DNA高通量条形码在昆虫多样性研究中的应用7

1.3研究目的和意义8

1.4技术路线9

2研究方法10

2.1研究地点10

2.2研究对象11

2.3取样方法11

2.3.1收集器的设置11

2.3.2种子样本的采集和处理13

2.4昆虫DNA提取及PCR扩增14

2.5样本标记策略17

2.5.1唯一的标记引物组合19

2.5.2双标记的引物对21

2.6样品建库和测序22

3数据分析22

3.1生物信息学分析22

3.2植物系统发育树的构建24

3.3寄主专一性衡量及统计分析25

4结果26

4.1种子获取26

4.2昆虫DNA扩增30

4.3高通量测序结果30

4.3.1唯一的标记引物组合30

4.3.2双标记的引物对30

4.3.3OTU的筛选30

4.3.4两种方法的比较31

4.4DSI*计算与比较32

5讨论35

5.1DNA高通量条形码35

5.2种实昆虫寄主专一性36

5.3不足及展望38

6总结40

参考文献41

附录61

附录12019年两地种子物种信息61

附录2高通量测序及生物信息学结果85

附录3昆虫及其寄主植物87

附录42019年西双版纳和长白山昆虫寄主植物的系统发育树138

致谢139

贵州师范大学学位论文原创性声明140

摘要

昆虫与植物之间的相互作用是地球上最常见和最重要的生态关

系之一，对理解生物多样性分布格局及维持机制具有重要意义。热

带地区昆虫寄主专一性（hostspecificity）高被认为是该地区生物多

样性高的原因之一，然而现有研究得到的结果往往相互矛盾，而且

群落水平上涉及多个昆虫类群的研究寥寥无几。群落水平上的研究

亟待克服的一大挑战是鉴定种类繁多的昆虫。DNA高通量条形码

（DNAmetabarcoding，DNA宏条形码）技术为此提供了解决方案。

本研究以2019年热带西双版纳和温带长白山一对海拔和面积相

近的森林群落中的种实昆虫（以种子和果实为食的昆虫）为研究对

象。采用一致的方法获取两样地的种子和果实中的昆虫。利用DNA

高通量条形码技术对种实昆虫进行分类，使用基于系统发育距离的

专一性指数DSI*（distance-basedspeciallisationindex）来衡量昆虫寄

主专一性。本研究采用两种样本标记策略对昆虫样本进行标记：（1）

唯一的标记引物组合（uniquecombinationsoftaggedprimers）；（2）

双标记的引物对（twin-taggedprimerpairs），以探讨（1）DNA高通

量条形码技术在种实昆虫鉴定中的应用；（2）种实昆虫寄主专一性

在温带和热带森林间的差异。

主要研究结果如下：

（1）西双版纳发现昆虫1327只；长白山发现昆虫2962只。

（2）采用唯一的标记引物组合标记策略：长白山种实昆虫生成

17个OTU（operationaltaxonomicunits，可操纵分类单元，近似于

“物种”的概念）；西双版纳种实昆虫生成113个OTU，两地共同拥

有4个OTU；采用双标记的引物对标记策略：长白山种实昆虫生成

33个OTU；西双版纳种实昆虫产生成148个OTU，两地共同拥有3

个OTU。结合昆虫的形态学特征进行辅助鉴定，双标记的引物对的

结果更加可信。根据双标记的引物对获得的数据进行下一步分析。

（3）长