全基因组关联分析结合单倍型分析挖掘水稻耐低氮候选基因.pdfVIP

核农学报2025，39（10）：2083~2095

2083

JournalofNuclearAgriculturalSciences

文章编号：1000‐8551（2025）10‐2083‐13

全基因组关联分析结合单倍型分析挖掘水稻耐低氮

候选基因

111122

邵美红赵玲玲程楚程思明朱双兵翟来圆

22，3，4，*

陈凯徐建龙

12

（建德市农业技术推广中心，浙江杭州311600；岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心/中国农业科学院农业基因组

34

研究所，广东深圳518120；作物基因资源与育种全国重点实验室/中国农业科学院作物科学研究所，北京100081；三亚中国农业

科学院国家南繁研究院，海南三亚572024）

摘要：土壤氮素不足是中低产田水稻高产的重要限制因素之一，挖掘水稻耐低氮基因和培育耐低氮品

种是解决这一问题的有效途径。为定位水稻耐低氮数量性状基因座（QTL）和挖掘耐低氮候选基因，本

研究利用水稻种质资源导入黄华占背景培育的409份目标性状选择导入系群体，连续两年在正常施氮

和低氮条件下评价导入系的耐低氮相关性状，发现单株产量和单株有效穗数对低氮胁迫比较敏感，而千

粒重和每穗粒数受低氮胁迫影响相对较小。关联分析定位到影响单株产量、单株有效穗数、每穗实粒数

和千粒重在不同施氮条件下的主效QTL55个，包括正常施氮条件下的14个，低氮条件下的16个、低氮与

正常比值（即耐低氮指数）的25个。对新检测到的4个重要耐低氮QTL进行候选基因和单倍型分析，

LOC_Os01g09240被鉴定为第1染色体4.51~4.71Mb区间qGYP1/qEPN1.1的一个最可能的候选基因，

LOC_Os06g13200是第6染色体的7.23~7.30Mb区间qFGN6.2/qGYP6.2的一个最可能的候选基因，

LOC_Os10g31220、LOC_Os10g31320和LOC_Os10g31420则被推断为第10染色体上16.31~16.51Mb区

间qTGW10的可能候选基因。对重要耐低氮株系在氮素含量低的山改田进行耐低氮评价，筛选出H82

和H414两份株系，在正常条件或低氮条件下均有较高的产量水平，耐低氮能力较强、综合性状较好，可

作为水稻耐低氮育种的亲本利用。本研究还针对中低产田的耐低氮及抗非生物逆境育种进行了深入探

讨，提出了标记辅助耐低氮基因和其他抗逆基因的聚合育种策略。

关键词：耐低氮；全基因组关联分析；单倍型分析；候选基因

DOI：10.11869/j.issn.1000‐8551.2025.10.2083

20世纪60年代，水稻育种经历了高秆向半矮秆转可持续的。由于过去水稻育种未曾对水稻耐低氮和氮

［1］

变